<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:10pt"><div>Hi<br>My protein has a Fe4S4 cluster. I have been able to minimize the structure using Steepest descent. The log file shows following message:<br>Steepest Descents converged to Fmax < 2000 in 372 steps<br>Potential Energy = -4.1580605e+06<br>Maximum force = 1.7402682e+03 on atom 820<br>Norm of force = 3.0794989e+01<br>-----------------<br>But during the position restraining step, following Linc warning is coming before stopping all-together <br>Step 228, time 0.456 (ps) LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 51159085.131913, max 1100381184.000000 (between atoms 5437 and 5444)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint
length<br> 1262 1264 38.8 0.1009 0.1054 0.1000<br> 1262 1263 83.6 0.1035 0.0960 0.1000<br> 1261 1265 42.1 0.1349 0.1366 0.1340<br> 1259 1261 42.9 0.1359 0.1372 0.1340<br> 1237 1241 33.0 0.1480 0.1788 0.1470<br> 1235 1237 75.6 0.1360 0.4797 0.1330<br> 1235 1236 40.9 0.1254 0.3422
0.1230<br> 1232 1233 71.3 0.1834 0.3421 0.1830<br> 1231 1232 43.1 0.1559 0.3294 0.1530<br> 1230 1235 106.0 0.1589 0.2070 0.1530<br> 1230 1231 111.0 0.1606 0.3819 0.1530<br> 1228 1230 81.9 0.1535 8.3688 0.1470<br> 1228 1229 100.8 0.1040 7.2523 0.1000<br> 1226 1228 108.7 0.1480 29.6051 0.1330<br> 1226
1227 112.0 0.1271 25.3002 0.1230<br> 1224 1226 67.7 0.2210 50.5775 0.1530<br> 1224 1225 73.6 0.2217 43.8606 0.1530<br> 1222 1224 146.5 3.0118 273.3403 0.1470<br> 1222 1223 173.1 5.0766 350.6593 0.1000<br> 1220 1222 140.6 50.1464 1239.3472 0.1330<br> 1220 1221 142.5 50.5481 1210.8007 0.1230<br> 1218 1219 46.5 0.1089 0.0687
0.1090<br> 1216 1218 106.3 0.1532 2.4558 0.1390<br> 1216 1217 57.3 0.1434 2.4980 0.1090<br> 1214 1218 106.4 0.1028 2.6673 0.1390<br> 1214 1215 166.4 0.2538 2.1798 0.1090<br> 1212 1216 119.0 0.5844 15.3761 0.1390<br> 1212 1213 50.7 0.5406 17.8588 0.1090<br> 1210 1214 116.2 0.9490 16.1642 0.1390<br> 1210 1211
150.4 0.7387 23.8303 0.1090<br> 1209 1212 57.4 4.3532 165.6521 0.1390<br> 1209 1210 53.5 4.3615 166.9433 0.1390<br> 1208 1209 130.9 34.7441 858.7278 0.1530<br> 1207 1220 174.9 199.1050 3552.6362 0.1530<br> 1207 1208 172.1 195.9491 3367.8894 0.1530<br> 1205 1207 176.1 490.9904 5776.2954 0.1470<br> 1205 1206 177.8 631.7326 5326.1118 0.1000<br> 1203 1205 179.0 1242.0747
9168.7764 0.1330<br> 1203 1204 178.9 1057.3107 7388.7915 0.1230<br> 1202 1203 179.3 1221.3862 8532.1836 0.1530<br> 1200 1202 177.8 455.7037 3702.9392 0.1470<br> 1200 1201 172.7 158.7020 1978.1310 0.1000<br> 1198 1200 174.2 160.3432 1536.1411 0.1330<br> 1198 1199 92.0 16.9060 423.7516 0.1230<br> 1197 1198 94.1 16.9010 421.8028 0.1530<br> 1195 1197 99.1 10.3514
9.3388 0.1470<br> 1195 1196 96.2 9.0920 8.6023 0.1000<br> 1193 1195 91.2 21.5753 58.1620 0.1330<br> 1193 1194 89.2 21.1892 62.7649 0.1230<br> 1191 1192 90.1 50.3829 12.4455 0.1330<br> 1190 1191 89.4 13.1419 10.9133 0.1830<br> 1189 1193 114.3 75.7546 37.4387 0.1530<br> 1189 1190 91.1 24.9488 56.3341 0.1530<br> 1187
1189 146.9 53.8226 42.4679 0.1470<br> 1187 1188 139.0 22.0031 100.4932 0.1000<br> 1185 1187 163.3 21.1472 184.6258 0.1330<br> 1185 1186 170.3 61.0351 169.5860 0.1230<br> 1182 1184 153.3 4.0050 30.0847 0.1530<br> 1182 1183 109.9 2.7482 31.3314 0.1530<br> 1181 1185 170.1 69.8200 192.5774 0.1530<br> 1181 1182 129.0 21.4261 109.4787 0.1530<br> 1179 1181
132.8 19.8073 116.5793 0.1470<br> 1179 1180 159.4 2.3810 48.3401 0.1000<br> 1177 1179 175.2 1.4786 53.0837 0.1330<br> 1177 1178 166.4 0.7559 28.5291 0.1230<br> 1174 1176 90.0 0..1801 80.6845 0.1530<br> 1174 1175 99.7 0.2091 19.2129 0.1530<br> 1173 1177 149.1 0.2721 28.0611 0.1530<br> 1173 1174 73.6 0.7968 36.5323
0.1530<br> 1171 1173 87.8 0.8744 115.1496 0.1470<br> 1171 1172 91.2 0.1603 111.8982 0.1000<br> 1169 1171 89.7 0.2456 106.5120 0.1330<br> 1169 1170 90.0 0.1499 17.6986 0.1230<br> 1166 1168 76.1 0.1256 0.4912 0.1250<br> 1166 1167 77.8 0.1256 0.4782 0.1250<br> 1165 1166 71.9 0.1546 2.7698 0.1530<br> 1164
1169 83.5 0.1781 17.7449 0.1530<br> 1164 1165 89.3 0.1594 8.0829 0.1530<br> 1162 1164 88.0 0.1531 8.2075 0.1470<br> 1162 1163 75.0 0.1015 0.7203 0.1000<br> 1160 1162 77.5 0.1343 1..0789 0.1330<br> 1160 1161 64.4 0.1236 0.1792 0.1230<br> 1159 1160 71.0 0.1533 0.2053 0.1530<br> 1157 1159
45.2 0.1471 0.2126 0.1470<br> 912 914 32.1 0.1354 0.1615 0.1330<br> 912 913 30.7 0.1256 0.1470 0.1230<br> 908 911 30.7 0.1549 0.1695 0.1530<br> 908 909 34.8 0.1445 0.1757 0.1430<br> 907 912 72.9 0.1626 0.1665 0.1530<br> 907 908 37.4 0.1631 0.2368
0.1530<br> 905 907 128.4 0.1701 0.7031 0.1470<br> 905 906 98.7 0.1228 0.6995 0.1000<br> 903 905 168.5 0.2035 2.3071 0.1330<br> 903 904 162.9 0.2507 2.1657 0.1230<br> 900 902 153.1 5.5440 1..2614 0.1530<br> 899 901 121.4 0.4966 2.0792 0.1530<br> 899 900 55.2 5.1698
2.0128 0.1530<br> 898 903 121.2 0.8906 12.7758 0.1530<br> 898 899 131.1 1.2241 13.3134 0.1530<br> 896 898 179.1 3.9358 42.7759 0.1470<br> 896 897 177.8 4.1988 52.7518 0.1000<br> 894 896 168.8 8.6905 122.9769 0.1330<br> 894 895 166.9 8.1428 109.3695 0.1230<br> 891 893 176.5 6.9211
107.7181 0.1530<br> 891 892 177.2 6.9968 107.7183 0.1530<br> 890 894 174.3 15.2302 197.2106 0.1530<br> 890 891 172.5 15.7163 196.0867 0.1530<br> 888 890 175.3 10.5204 153.8357 0.1470<br> 888 889 161.5 7.9441 71.0562 0.1000<br> 886 888 168.5 8.5584 82.3758 0.1330<br> 886 887 141.3 10.6521 51.9678
0.1230<br> 885 886 149.7 9.4837 100.2013 0.1530<br> 883 885 179.0 31.4739 240.4092 0.1470<br> 883 884 169.8 29.0708 297.3551 0.1000<br> 881 883 178.6 67.0574 627.9330 0.1330<br> 881 882 177.3 63.6199 542..5975 0.1230<br> 878 880 116.7 0.1027 0.0457 0.1000<br> 878 879 125.3 0.1034 0.0518 0.1000<br> 874
875 54.5 0.1405 0.2361 0.1340<br> 872 874 113.7 0.1645 3.6744 0.1340<br> 872 873 79.6 0.1285 3.5727 0.1000<br> 871 872 171.5 0.4477 9.9180 0..1470<br> 870 871 165.1 0.5577 29.9169 0.1530<br> 869 870 131.4 4.9544 116.7184 0.1530<br> 868 881 177.7 69.4833 780.9811 0.1530<br> 868
869 176.2 28.7530 434.2484 0.1530<br> 866 868 175.1 25.9538 421.9843 0.1470<br> 866 867 144.2 6.0282 101.1944 0.1000<br> 864 866 89.2 6.6929 141.2832 0.1330<br> 864 865 90.0 0.9032 1979.5164 0.1230<br> 863 864 85..6 0.9540 803.1605 0.1530<br> 861 863 89.8 0.1295 1680.5269 0.1470<br> 861 862 90.8
0.1345 1746.5291 0.1000<br> 859 861 90.4 0.1873 1751.9543 0.1330<br> 859 860 90.1 0.1721 228.2115 0.1230<br> 857 859 90.4 0.1720 227.7394 0.1530<br> 857 858 89.0 0.1739 5.1833 0.1530<br> 855 857 94.2 0.3414 6.0932 0..1470<br> 855 856 55.1 0.3181 1.0624 0.1000<br> 853 855
129.9 1.2924 2.6952 0.1330<br> 853 854 168.7 1.2416 2.1300 0.1230<br> 851 852 102.8 0.5865 0.7272 0.1330<br> 850 851 60.2 0.2345 1.6205 0.1830<br> 849 853 134.8 0.6425 4.7273 0.1530<br> 849 850 157.9 1.9388 2.3807 0.1530<br> 847 849 141.8 0.4117 3.3547 0.1470<br>
847 848 144.2 0.8325 1.2734 0.1000<br> 845 847 139.0 1.3097 1.0164 0.1330<br> 845 846 79.8 0.1358 1.4231 0.1230<br> 844 845 79.5 0.0650 1.5120 0.1530<br> 842 844 44.8 0.2060 0.1625 0.1470<br> 842 843 63.7 0.1102 0.0636 0.1000<br> 840 842 51.6 0.1364
0.1307 0.1330<br> 840 841 62.7 0.1383 0.1741 0.1230<br> 836 840 35.5 0.1762 0.2154 0.1530<br> 532 533 90.0 0.1780 2.1529 0.1780<br> 531 532 75.3 0.1830 0.2559 0.1830<br> 530 531 38.7 0.1530 0.1917 0.1530<br> 5437 5442 178.3 4026489.2500 250662624.0000 0.2282<br> 5440 5443 178.7 3964431.5000
249299120.0000 0.2282<br> 5440 5442 178.2 3994952.7500 249857472.0000 0.2282<br> 5440 5441 177.3 3936231.2500 248309376.0000 0.2282<br> 5439 5444 179.3 4022623.7500 250297056.0000 0.2282<br> 5439 5442 178.7 4005645.5000 249961632.0000 0.2282<br> 5439 5441 177.3 3961649..0000 248898240.0000 0.2282<br> 5438 5444 178.7 4021588.0000 250444048.0000 0.2282<br> 5438 5443 178.4 3977419.0000 249590528.0000 0.2282<br> 5438 5441 177.3 3944925.5000
248506944.0000 0.2282<br> 5437 5444 178.6 4045353.0000 251062960.0000 0.2282<br> 5437 5443 177.7 4017448.2500 250710016.0000 0.2282<br><br>t = 0.456 ps: Water molecule starting at atom 154344 can not be settled..<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>----------------------------------------------<br>the atoms 5437,5438,5439 are the FE atoms of the Fe4S4 cluster. these atoms are rotating hugely and showing large rms.<br>Please suggest how to tackle the FE atoms during simulation run ? Without the metal cluster, the same protein is working fine under simulation and there is no such linc warinings?<br><br>Subarna<br></div>
<!-- cg1.c50.mail.in.yahoo.com compressed Tue Dec 29 03:16:28 PST 2009 -->
</div><br>
<!--1--><hr size=1></hr>
The INTERNET now has a personality. YOURS! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">See your Yahoo! Homepage</a>.</body></html>