<div> </div>
<div>Hi </div>
<div>Here is my .out file.</div>
<div>atoms 366 and 368 are two atoms inside the protein.</div>
<div>What is other possible way to solve it ?</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Thank you</div>
<div> </div>
<div>Lin</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 597108032.000000 (between atoms 366 and 368) rms 26394490.000000<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
     26     39   52.0    0.1530   0.1699      0.1530<br>     39     40   69.4    0.1230   0.1423      0.1230<br>     39     41   40.7    0.1330   0.1502      0.1330<br>     75     76   36.0    0.1250   0.1252      0.1250<br>
    133    134   69.5    0.1530   0.1937      0.1530<br>    134    135   89.8    0.1470   0.2036      0.1470<br>    344    346   42.4    0.1470   0.2090      0.1470<br>    346    347   42.2    0.1530   0.2141      0.1530<br>
    346    359   63.9    0.1530 26006.0332      0.1530<br>    359    360   56.9    0.1230 26006.0469      0.1230<br>    359    361   83.2    0.1330 82898.5859      0.1330<br>    361    362   77.5    0.1000 82845.7109      0.1000<br>
    361    363   83.8    0.1470 398710.1875      0.1470<br>    363    364   89.3    0.1530 1909291.8750      0.1530<br>    363    369   85.2    0.1530 393002.8125      0.1530<br>    364    365   90.0    0.1508 31146174.0000      0.1530<br>
    365    366   90.2    0.1544 66925512.0000      0.1530<br>    366    367   92.7    0.1301 73689816.0000      0.1250<br>    366    368   87.0    0.1305 74638504.0000      0.1250<br>    369    370   72.1    0.1230 65978.3203      0.1230<br>
    369    371   72.6    0.1330 66864.2812      0.1330<br>    371    372   85.7    0.1000 10685.0596      0.1000<br>    371    373   61.0    0.1470 10685.1035      0.1470<br>    373    374   33.3    0.1530   0.1896      0.1530<br>
</div>