<div> </div>
<div>Hi </div>
<div>Here is my .out file.</div>
<div>atoms 366 and 368 are two atoms inside the protein.</div>
<div>What is other possible way to solve it ?</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Thank you</div>
<div> </div>
<div>Lin</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 597108032.000000 (between atoms 366 and 368) rms 26394490.000000<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length<br>
26 39 52.0 0.1530 0.1699 0.1530<br> 39 40 69.4 0.1230 0.1423 0.1230<br> 39 41 40.7 0.1330 0.1502 0.1330<br> 75 76 36.0 0.1250 0.1252 0.1250<br>
133 134 69.5 0.1530 0.1937 0.1530<br> 134 135 89.8 0.1470 0.2036 0.1470<br> 344 346 42.4 0.1470 0.2090 0.1470<br> 346 347 42.2 0.1530 0.2141 0.1530<br>
346 359 63.9 0.1530 26006.0332 0.1530<br> 359 360 56.9 0.1230 26006.0469 0.1230<br> 359 361 83.2 0.1330 82898.5859 0.1330<br> 361 362 77.5 0.1000 82845.7109 0.1000<br>
361 363 83.8 0.1470 398710.1875 0.1470<br> 363 364 89.3 0.1530 1909291.8750 0.1530<br> 363 369 85.2 0.1530 393002.8125 0.1530<br> 364 365 90.0 0.1508 31146174.0000 0.1530<br>
365 366 90.2 0.1544 66925512.0000 0.1530<br> 366 367 92.7 0.1301 73689816.0000 0.1250<br> 366 368 87.0 0.1305 74638504.0000 0.1250<br> 369 370 72.1 0.1230 65978.3203 0.1230<br>
369 371 72.6 0.1330 66864.2812 0.1330<br> 371 372 85.7 0.1000 10685.0596 0.1000<br> 371 373 61.0 0.1470 10685.1035 0.1470<br> 373 374 33.3 0.1530 0.1896 0.1530<br>
</div>