<div> </div>
<div>Hi</div>
<div>The follwing is my .out file.</div>
<div>From it, can I conclude that some molecule clashing with another ?</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Thank you</div>
<div>Lin</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Step -2, time -0.002 (ps)  <strong>LINCS WARNING</strong><br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 0.044043 (between atoms 366 and 368) rms 0.001724<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
    366    367   36.8    0.1973   0.1301      0.1250<br>    366    368   36.6    0.1963   0.1305      0.1250<br>starting mdrun &#39;HEN EGG WHITE LYSOZYME in water&#39;<br>5000 steps,      5.0 ps.</div>
<div><br>Step 0, time 0 (ps)  <strong>LINCS WARNING<br></strong>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 42.623165 (between atoms 1499 and 1518) rms 2.341352<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
   1376   1377   39.1    0.1470   0.1471      0.1470<br>   1404   1405   59.8    0.1430   0.2374      0.1430<br>   1405   1406   88.5    0.1530   0.2358      0.1530<br>   1406   1407   76.6    0.1530   0.1851      0.1530<br>
   1407   1408   74.3    0.1531   0.2407      0.1530<br>   1438   1439   34.8    0.1530   0.1557      0.1530<br>   1439   1440   34.4    0.1530   0.1594      0.1530<br>   1499   1518   90.0    0.1090   4.7549      0.1090<br>
   1554   1578   90.0    0.1090   0.2729      0.1090<br>   1594   1595   53.5    0.1390   0.1650      0.1390<br>   1595   1596   57.1    0.1390   0.1515      0.1390<br>   1595   1615   90.3    0.1090   0.5874      0.1090<br>
   1666   1652   48.5    0.1392   0.1535      0.1390<br>   1654   1678   90.1    0.1092   0.4554      0.1090<br>   1656   1679   90.2    0.1092   0.1300      0.1090<br>   1657   1680   90.0    0.1092   1.6346      0.1090<br>
   1660   1661   58.0    0.1393   0.1424      0.1390<br>   1661   1662   54.5    0.1392   0.1467      0.1390<br>   1661   1681   88.9    0.1091   0.1237      0.1090<br>   1665   1684   89.8    0.1091   0.3454      0.1090<br>
   1667   1666   53.1    0.1531   0.1364      0.1530</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.1#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.1#</div>
<div>Back Off! I just backed up 6LYZ-PR.trr to ./#6LYZ-PR.trr.1#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.2#</div>
<div>Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 597108032.000000 (between atoms 366 and 368) rms 26394490.000000<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
     26     39   52.0    0.1530   0.1699      0.1530<br>     39     40   69.4    0.1230   0.1423      0.1230<br>     39     41   40.7    0.1330   0.1502      0.1330<br>     75     76   36.0    0.1250   0.1252      0.1250<br>
    133    134   69.5    0.1530   0.1937      0.1530<br>    134    135   89.8    0.1470   0.2036      0.1470<br>    344    346   42.4    0.1470   0.2090      0.1470<br>    346    347   42.2    0.1530   0.2141      0.1530<br>
<font color="#ff0000"><strong>    346    359   63.9    0.1530 26006.0332      0.1530<br>    359    360   56.9    0.1230 26006.0469      0.1230<br>    359    361   83.2    0.1330 82898.5859      0.1330<br>    361    362   77.5    0.1000 82845.7109      0.1000<br>
    361    363   83.8    0.1470 398710.1875      0.1470<br>    363    364   89.3    0.1530 1909291.8750      0.1530<br>    363    369   85.2    0.1530 393002.8125      0.1530<br>    364    365   90.0    0.1508 31146174.0000      0.1530<br>
    365    366   90.2    0.1544 66925512.0000      0.1530<br>    366    367   92.7    0.1301 73689816.0000      0.1250<br>    366    368   87.0    0.1305 74638504.0000      0.1250<br>    369    370   72.1    0.1230 65978.3203      0.1230<br>
    369    371   72.6    0.1330 66864.2812      0.1330<br>    371    372   85.7    0.1000 10685.0596      0.1000<br>    371    373   61.0    0.1470 10685.1035      0.1470<br></strong></font>    373    374   33.3    0.1530   0.1896      0.1530<br>
    373    377   33.5    0.1530   0.1933      0.1530<br>    547    548   90.1    0.1089   0.1358      0.1090<br>    898    900   89.9    0.1530   0.4741      0.1530<br>   1045   1046   47.0    0.1780   0.1783      0.1780<br>
   1118   1119   36.8    0.1090   0.1069      0.1090<br>   1128   1129   31.8    0.1000   0.1019      0.1000<br>   1130   1131   35.6    0.1340   0.1334      0.1340<br>   1152   1153   89.6    0.1530   0.2937      0.1530<br>
   1153   1154   90.3    0.1529   2.2321      0.1530<br>   1154   1155   89.9    0.1529   7.7561      0.1530<br>   1155   1156   90.3    0.1470   8.2649      0.1470<br>   1156   1157   60.6    0.1000   0.1543      0.1000<br>
   1156   1158   49.6    0.1339   0.1783      0.1340<br>   1158   1159   48.4    0.1340   0.1038      0.1340<br>   1159   1160   86.4    0.1000   0.1375      0.1000<br>   1165   1166   45.8    0.1230   0.1207      0.1230</div>

<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.3#<br>Sorry couldn&#39;t backup step-1.pdb to ./#step-1.pdb.3#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.3#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.4#</div>
<div>Back Off! I just backed up step-1.pdb to ./#step-1.pdb.3#</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.1#</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.2#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.3#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.1#<br>Sorry couldn&#39;t backup step0.pdb to ./#step0.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</div>

<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.1#</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.4#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</div>
<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.5#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</div>

<div>Back Off! I just backed up step0.pdb to ./#step0.pdb.6#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Terminated<br></div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Chih-Ying Lin wrote:<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Hi<br>&gt; My simulation broke down and the simulation procedues are as follows.<br>&gt;<br>&gt; 1. center a protein molecule in the simulation box<br>&gt; 2. put 20 ligands around the protein with  &quot; genbox &quot; command<br>
&gt; 3. make sure that any atom of the ligands does not overlap on any atom<br>&gt; of the protein with Visulization-software.<br>&gt; 4. solvent addition , with the command &quot; genbox *-vdwd*  0.2   &quot;<br>&gt; 5. Addition of ions, with the command &quot; genion &quot;<br>
&gt; 6. Energy minimization of the solvated system<br>&gt; 7. Position restrained MD<br>&gt;<br>&gt; =&gt; simulation broke down.<br>&gt; =&gt; It is very probable that some molecule clashing with another.</div>
<div>You can change &quot;probable&quot; to an actual answer if you analyze whatever LINCS<br>warnings are occurring (the atoms are listed) and by watching the resulting<br>trajectory.</div>
<div>&gt; =&gt; since i have made sured that any atom of the ligands does not overlap<br>&gt; on any atom of the protein with Visulization-software,<br>&gt;       the clashed pair of the molecules are possible &quot; solvent vs<br>
&gt; solvent &quot;    or     &quot;solvent vs protein&quot;       or       &quot;solvent vs<br>&gt; ligand &quot;</div>
<div>Then you should follow up #4 above with another visual inspection, as you did<br>with protein-ligand interactions, in addition to any information printed to the<br>log file (as above).</div>
<div>&gt; =&gt; however, from the Gromacs manual , command &quot;genbox&quot;<br>&gt;      &quot; Solvent molecules are removed from the box where the distance<br>&gt; between any atom of the solute molecule(s) and any atom of the solvent<br>
&gt; molecule is less<br>&gt;      than the sum of the VanderWaals radii of both atoms. A database<br>&gt; (vdwradii.dat &lt;<a href="http://manual.gromacs.org/current/online/dat.html">http://manual.gromacs.org/current/online/dat.html</a>&gt;) of<br>
&gt; VanderWaals radii is read by the program, atoms not in the<br>&gt;      database are assigned a default distance -vdw.&quot;<br>&gt;</div>
<div>So solvent-solvent overlap shouldn&#39;t be a problem.</div>
<div>&gt; =&gt;  here is    vdwradii.dat  (the ligand is simply made of C, N, O, H)</div>
<div>Yes, this is standard.</div>
<div>&gt; ; Very approximate VanderWaals radii<br>&gt; ; only used for drawing atoms as balls or for calculating atomic overlap.<br>&gt; ; longest matches are used<br>&gt; ; &#39;???&#39; or &#39;*&#39; matches any residue name<br>
&gt; ; &#39;AAA&#39; matches any protein residue name<br>&gt; ???  C     0.15<br>&gt; ???  F     0.12<br>&gt; ???  H     0.04<br>&gt; ???  N     0.110<br>&gt; ???  O     0.105<br>&gt; ???  S     0.16<br>&gt;<br>&gt; My questions are<br>
&gt; 1. anything wrong of my simulation procedures ?</div>
<div>In theory, not really.  What values of potential energy and maximum force did<br>the energy minimization converge to?</div>
<div>&gt; 2. how to find the clashed molecules ?<br>&gt;</div>
<div>Read the information printed to the log file (again, I&#39;m assuming you&#39;re seeing<br>LINCS warnings, but you haven&#39;t told us what &quot;broke&quot; means!) and watch the<br>trajectory to see where things start to fall apart.  As I suggested to someone<br>
earlier, if the crash is happening reasonably early, setting &quot;nstxout = 1&quot; is a<br>useful diagnostic to capture all frames prior to the crash.</div>
<div>-Justin</div>
<div>&gt; Thank you<br>&gt; Lin<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;</div>
<div> </div>