Sorry for this.<br><br>Thanks for your kind reply.  That is the answer of my question.<br><br>Actually, I only want to make sure whether the command of energygrp_excl has the ability not to calculate the force in the group. <br>
<br>The manual about energygrp_excl seems not talk about how to deal with the force. Maybe, I do not fully understand this command.<br><br>------------------------------------------------------------------------------------<br>
energygrp excl:<br>Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded. An example: if<br>you have two energy groups Protein and SOL, specifying<br>energygrp excl = Protein Protein SOL SOL<br>would give only the non-bonded interactions between the protein and the solvent. This is<br>
especially useful for speeding up energy calculations with mdrun -rerun and for excluding<br>interactions within frozen groups.<br>---------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>Happy new year.<br><br><br><div class="gmail_quote">2009/12/28  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Wende, please do not double post. If you are unsure if your post got through, you can easily see the list at <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-December/date.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-December/date.html</a>.<br>

<br>
You did not put units beside 40, so I suppose that you mean 40 A, whereas gromacs uses nm.<br>
<br>
1. Make a box with one sodium ion and then editconf -c -d 4 -bt dodecahedron. This will give you your box, then you can put your lattice inside it. With properly selected atom in an index file, you could easily do this in one step based on the commands above (plus the index group with a single central atom).<br>

<br>
2. This is clearly laid out in the manual under energygrp_excl. You should familiarize yourself with the online .mdp file options at <a href="http://manual.gromacs.org/current/online/mdp_opt.html" target="_blank">http://manual.gromacs.org/current/online/mdp_opt.html</a> which will help you find such things.<br>

<br>
Chris.<br>
<br>
-- original message --<br>
<br>
Hi GMX users,<br>
<br>
I want to fix a group in a truncate octahedron. How can I dealt with the<br>
questions below,<br>
<br>
1. I hope the box corresponds to an inscribed circle of cubic of size<br>
40*40*40, how to calculate the box vectors?<br>
<br>
2. One spherical rigid body consists of  face-center cubic lattices is fixed<br>
in the center of the box. I do not want to calculate the force and energy<br>
between the paritcles of this rigid body, so that no matter how large force<br>
between them shoud not blow up the rigid body.   How can I do this?<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
-- <br>
wende<br><font color="#888888">
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>wende<br>