<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear users,<div>Happy new yera to all.</div><div><br></div><div>I have just a very simple query..</div><div>I am running a simulation for 100 ns. I have decided to run it by 10 ns step of each. In every run, the gromacs generated confout.gro file, the traj.trr, traj.xtc, md.log , ener.edr file, state.cpt etc. The next time when i run the simulation for the next 10 ns , I have edited the em.mdp file and just change the tinit to the last time that i was run and the nsteps to 5000000 for 10 ns.. And the command i used for grompp is ...</div><div><br></div><div>grompp -f em.mdp -c confout.gro -p topol.top -o topol.tpr&nbsp;</div><div><br></div><div>And then it will generate the topol.tpr file. and the command is then</div><div><br></div><div>mdrun</div><div><br></div><div>My question is is that oaky ... or I have to use any more file in the grompp command like that
 traj.trr or state.cpt for tracking velocity??</div><div><br></div><div>Thnx...</div><div><br></div><div>/Henry</div><div>Biochemistry.</div></td></tr></table><br>