<div> </div>
<div> </div>
<div>Hi </div>
<div>I used Gromacs version 3.3.3.</div>
<div>My simulation system = one protein + 20 ligand + water molecules ( 7x 7x 7 ) </div>
<div>MPI setting =&gt; #PBS -l nodes=4:ppn=4,arch=x86_64   =&gt; 16 nodes in total</div>
<div>After doing the energy minimization, =&gt; the potential energy is extremely high ( say, ten to the 9th order )</div>
<div>I visualized the &quot; Simulation-System-EM-solvated.gro &quot; after the energy minimization. </div>
<div>Then, I found that the Simulation Sysmtem is devided into 16 domains very clearly and the molecules (protein, ligand, and water) break into atoms in the boundaries.</div>
<div>I have checked that the 20 ligands are not overlapped each other and are not overlapped with protein from the beginning.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>More, i have created 10 alike system and each is with &quot;one protein + 20 ligand + water molecules&quot; </div>
<div>Two of them get the &quot;minus potential energy&quot; after energy minimization and I can continue running the MD simulation successfully.</div>
<div>Others of them get the &quot;extreme high positive potential energy&quot; and the system is devided into 16 domains after energy minimization and the simulation broke afterall.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>With one protein + 10 ligand + water molecules, ( 6 x 6 x 6 )</div>
<div>There is no problems like that.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Please give me your ideas to solve the problem.</div>
<div> </div>
<div>Thank you<br>Lin</div>
<div> </div>