<div dir="ltr"><br><br>
<div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Amir Marcovitz</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:amarcovitz@gmail.com">amarcovitz@gmail.com</a>&gt;</span><br>Date: Mon, Jan 4, 2010 at 6:18 PM<br>
Subject: mdrun error<br>To: <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br><br><br>
<div dir="ltr">
<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>my system is composed of 2 molecules that are arranged in a lattice: i.e., each molecule is represented by 4 atoms (which are charged) and organized in a square lattice.</div>
<div> </div>
<div>bonds, angles and dihedrals connect the 4 atoms on each lattice.</div>
<div> </div>
<div>i want to simulate the 2 &#39;plates&#39; such that they are parallel so i added 90 degrees, inter-lattice angles between selected atoms in the system to the [angles] section in the *.top file</div>
<div>the processing with grompp worked fine but the mdrun aborted with the following error:</div>
<div> </div>
<div><strong>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0.5<br>Source code file: nsgrid.c, line: 348</strong></div>
<div><strong>Fatal error:<br>Number of grid cells is zero. Probably the system and box collapsed.</strong></div>
<div><strong>-------------------------------------------------------<br></strong> </div>
<div>beforehand the following massages poped-up:</div>
<div> </div>
<div><strong> t = 2.954 ps: Water molecule starting at atom 9891 can not be settled.<br>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates</strong></div>
<div><strong></strong> </div>
<div>and<strong> </strong></div>
<div><strong></strong> </div>
<div><strong>Step 1478  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.95218 1.95218 1.95218</strong></div>
<div><strong></strong> </div>
<div>does anyone has a clue of what is wrong?</div>
<div>Thanks, Amir</div>
<div><br><br> </div></div></div><br></div>