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.hmmessage P
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body.hmmessage
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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>This should not be a requirement.<br>I have not tested this, but from the code it seems this problem can only occur when you<br>have the mdp option continuation turned on.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Sun, 3 Jan 2010 15:53:36 -0500<br>&gt; From: chris.neale@utoronto.ca<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] particle decomposition requires preliminary trjconv        -pbc mol input<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I recently used mdrun -pd while attempting to solve my problems with  <br>&gt; angle_restraints_z  <br>&gt; (http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-January/047785.html) since  <br>&gt; I discovered that -noddcheck is not a valid solution to the missing  <br>&gt; interactions problems with angle restraints.<br>&gt; <br>&gt; I received immediate errors with particle decomposition (mdrun -pd),  <br>&gt; although no errors with domain decomposition (mdrun -dd).<br>&gt; <br>&gt; After a couple of days of changing parameters, I discovered that mdrun  <br>&gt; -pd requires an input .gro file in which all molecules are whole (as  <br>&gt; the used to be written out by gromacs mdrun version 3).<br>&gt; <br>&gt; My basic problem was that I had run parallel EM using domain  <br>&gt; decomposition and then since my molecules were broken, parallel MD  <br>&gt; using particle decomposition failed.<br>&gt; <br>&gt; The solution:<br>&gt; grompp -f one.gro -o my.tpr<br>&gt; trjconv -s my.tpr -pbc mol -o two.gro<br>&gt; grompp -f two.gro -o my.tpr<br>&gt; <br>&gt; I'm posting so that this can be found by a mailing list search for the  <br>&gt; next time somebody runs into this as it is, as far as I can tell, an  <br>&gt; undocumented requirement.<br>&gt; <br>&gt; Chris.<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Find the right PC for you. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Learn more.</a></body>
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