Hello All,<br><br>I am trying to analyze the output of repeated molecular docking runs, so that I further refine the protein-ligand complex using GROMACS, and determine the free energy of the system.  Is there a program that can process a number of ligand structure files (output of docking runs) as input, determine protein-ligand interactions, list them, and visualize docked conformations?<br>
<br>If anyone has information, I would greatly appreciate it.<br><br>Thanks in advance,<br><br>Nancy<br><br><br><br><br>