<div> </div>
<div>HI<br>I am simulating the protein + ligand + water molecules system.<br>In the experimental work, the concentration of ligand is pretty low, say<br>under 20 mM   (avearge 18 ligands attached on one protein)<br>It will be a huge system to create a system with 20 mM and it will take lot<br>
of simulation time.</div>
<div>Instead, I create a 6nm x 6nm x 6nm simulation box and put one protein<br>molecule with 10 ligands.<br>After 100 nano seconds, 10 ligands are attached on the protein.</div>
<div><br>Then, for this one protein with 10 ligands attached  + water molecules<br>I will do the following steps =&gt;<br>1. remove the water molecules<br>2. center the protein with 10 ligands attached in the 6nm x 6nm x 6nm<br>
simulation box<br>3. put another 10 ligands around the protein with 10 ligand attached<br>4. solvate the system<br>5. add ions</div>
<div><br>Are the above steps make sense to create a low concentration simulation?</div>
<div>Thank you<br>Lin</div>
<div> </div>
<div> </div>