<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5Cinter%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-fareast-font-family:"Times New Roman";}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.25in 1.0in 1.25in;
        mso-header-margin:.5in;
        mso-footer-margin:.5in;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

<p class="MsoNormal">Hi, </p>



<p class="MsoNormal"> I obtained the electron density profile for the solvent in
protein membrane simulation,</p>

<p class="MsoNormal">For this I used the following commands:</p>



<p class="MsoNormal"> ]$ g_density  -f md.xtc  -s md.tpr<span style="">  </span>-d  z  -dens electron<span style="">   </span>-o sol.xvg<span style="">  
</span>-ei electrons.dat <span style=""> </span> -symm </p>

<p class="MsoNormal">-n index.ndx</p>



<p class="MsoNormal"> <span style=""> </span>Although in md.gro
file is seen any water in middle box (hydrophobic region) simulation, Plot shows the electron
density of the water is higher in the middle bilayer  than the
edges.</p>

<p class="MsoNormal">Would any help me to remove this problem?</p>



<p class="MsoNormal">are commands used correctly? </p><br>Best regards,<br>Afsaneh<br>