Hi All,<div><br></div><div>I am trying to insert coarse grained protein to coarse grained lipid. My protein is CG 1SU4 and lipid is CG DPPC. I can make a big hole and pack lipids around the protein using INFLATEGRO script. But when I do the EM of the system the minimized system comes out at a very bad shape. I have also removed all the overlapping lipids but still EM doesn&#39;t run properly and gives me lots of LINCS warning. Also, my protein and lipid both are separately minimized.</div>
<div><br></div><div>I am thinking of restraining the lipid in the Z direction and also restrain the full protein structure. But for CG i don&#39;t know what is the correct methodology to do this. Can anyone please let me know how to define the PR for the system consisting of CG lipids and CG protein and what specific commands to use for that?</div>
<div><br></div><div>Reply for the same will be highly appreciable.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Sunny</div>