<div>I am trying to get this workflow opperational. However, my systems are getting unstable. I have preped two mdp files: 1) one for restrained 2) unrestrained. LINCS errors appear for restrained and unrestrained has infinite energy appearing. </div>

<div> </div>
<div><a href="http://boinc.drugdiscoveryathome.com/em_restrained_rcs_mdrun.txt">http://boinc.drugdiscoveryathome.com/<u><font color="#0066cc">em_restrained_rcs_mdrun.txt</font></u></a></div>
<div><u><font color="#0066cc"></font></u> </div>
<div>This is where I get the LINCS Warnings</div>
<div> </div>
<div>Step -1, time -0.001 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.461520, max 14.428611 (between atoms 1668 and 1669)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<br>
Steepest Descents:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+04<br>   Number of steps    =          100<br>Warning: 1-4 interaction between 1658 and 1672 at distance 2.655 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>
This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br>Step=    0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  1.09364e+09 Fmax= 2.21154e+11, atom= 3292<br>
Step 1, time 0.001 (ps)  LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.680509, max 22.293625 (between atoms 1668 and 1670)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length</div>

<div> </div>
<div>What is a reasonable increase in table-extension. Is this a mis-leading suggestion?</div>
<div>Here is the log from the unrestrained minimization.</div>
<div><a href="http://boinc.drugdiscoveryathome.com/em_rcs_mdrun.txt">http://boinc.drugdiscoveryathome.com/<u><font color="#0066cc">em_rcs_mdrun.txt</font></u></a></div>
<div> </div>
<div>Here is a zip archive containing the working directory for this minimization. Its about 428 kb</div>
<div><a href="http://boinc.drugdiscoveryathome.com/rcs_ga_run_10_bt_Fzd2-MD7-MD8-7.zip_lig_24205_ChemDiv_5754-2873_ts_1263004110202172000.zip">http://boinc.drugdiscoveryathome.com/rcs_ga_run_10_bt_Fzd2-MD7-MD8-7.zip_lig_24205_ChemDiv_5754-2873_ts_1263004110202172000.zip</a><br clear="all">
<br>-- <br>Jack<br><br><a href="http://drugdiscoveryathome.com">http://drugdiscoveryathome.com</a><br><a href="http://hydrogenathome.org">http://hydrogenathome.org</a><br></div>