Hi,<br>    I am somewhat new to gromacs. I am trying to understand how Gromacs estimates scaled nonbonded 1-4 LJ interactions.<br>I learned from the manual that if gen-pairs = yes, gromacs uses the general combination rule for nonbonded 1-4 LJ interaction<br>
with the factor fudgeLJ.  But does Gromacs calculates the scaled 1-4 LJ interaction for all 1-4 pairs in the molecule? Or does it <br>do it only for the entries under the [pairs] section in topology file? And what about Coulomb interactions?<br>
<br>    Any insight will be greatly appreciated.<br><br>Thanks in advance,<br>Santanu<br>