<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Stefan,</div><div><br></div><blockquote type="cite">Message: 2<br>Date: Mon, 11 Jan 2010 19:48:53 -0200<br>From: Stefan Hoorman &lt;<a href="mailto:stefhoor@gmail.com">stefhoor@gmail.com</a>&gt;<br>Subject: [gmx-users] charmm, cmap and gromacs 4.1<br>To:&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Message-ID:<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>&lt;<a href="mailto:3078c1dd1001111348m6fb3d96epcc9202869d7b3ea0@mail.gmail.com">3078c1dd1001111348m6fb3d96epcc9202869d7b3ea0@mail.gmail.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>I wanted to use charmm forcefield on gromacs (am using 4.07) but when I try<br>using this forcefield gromacs tells me that there is a problem with CMAP. I<br>read that gromacs 4.1 is coming with charmm forcefield as well. If that is<br>true, when is gromacs 4.1 coming and how can I use charmm FF with gromacs<br>for now?<br></blockquote>The code supporting CHARMM is in git master (see&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial">http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial</a>) and will, as you say, be included in version 4.1. Download CHARMM force filed files v1.1 from&nbsp;<a href="http://www.dbb.su.se/user:bjelkmar/ffcharmm">http://www.dbb.su.se/user:bjelkmar/ffcharmm</a>. They will, of course, also be included with 4.1.&nbsp;<div><br></div><div>Actually, I got the notification yesterday that a paper describing this implementation will be published in JCTC.<br><div><br><blockquote type="cite">Would it be better to wait for gromacs 4.1?<br></blockquote>There might be some minor changes until 4.1 but the current (CHARMM-) code (in git master) is tested and is working well. Once version 4.1 is released I would recommend you to update to that version.&nbsp;</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Par Bjelkmar</div></div><br><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Pär Bjelkmar, PhD student<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Stockholm Center for Biomembrane Research,</font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm Bioinformatics Center,</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Department of Biochemistry and Biophysics,</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Stockholm University</p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><br class="webkit-block-placeholder"></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Tel:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>+46-8-16 2746<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Fax:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>+46-8-15 3679<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">E-mail: <a href="mailto:bjelkmar@cbr.su.se">bjelkmar@cbr.su.se</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Home:&nbsp;<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "><span class="Apple-style-span" style="white-space: normal; "><a href="http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar">http://www.dbb.su.se/User:Bjelkmar</a><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span></span></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;&lt;&gt;</font></p></div></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>