<div>Hi</div>
<div> </div>
<div>I want to compare DNA-binding affinity of PRH protein by mutation of some aminoacids.</div>
<div> </div>
<div>I think KD (dissociation constant) is related to binding affinity.</div>
<div> </div>
<div>I dont know how do I obtain KD (dissociation constant) by MD simulation and gromacs (what command).</div>
<div> </div>
<div>If there is another way, please guide me.</div>
<div><font size="2">
<p>Any help will highly appreciated!</p></font></div>