<div>I&#39;m trying to prep Fe-Hydrogenase again (1YQW). I took out all the non-standard residues. Re-named n-terminal and c-terminal residues. Took out connects because that worked last time though I&#39;m uncertain if connect really maters. </div>

<div> </div>
<div>Another issue with preping a protein. Its says I a missing H and HA for this residue, but have those atoms listed there. Why does it say CYSH instead of CYS2 on residue 15 ???</div>
<div>ffamber99sb.hdb does not list CYSH as a resdue.</div>
<div> </div>
<div><a href="http://boinc.drugdiscoveryathome.com/protein.pdb.txt">http://boinc.drugdiscoveryathome.com/protein.pdb.txt</a></div>
<div><a href="http://boinc.drugdiscoveryathome.com/pdb2gmx.txt">http://boinc.drugdiscoveryathome.com/pdb2gmx.txt</a><br clear="all"></div>
<div> </div>
<div><span lang="EN">
<p>ATOM 232 N CYS2 15 5.467 7.021 7.435 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 233 H CYS2 15 6.122 7.731 7.139 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 234 CA CYS2 15 5.957 5.650 7.604 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 235 HA CYS2 15 5.114 4.975 7.752 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 236 CB CYS2 15 6.737 5.195 6.365 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 237 2HB CYS2 15 6.774 4.106 6.322 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 238 3HB CYS2 15 6.264 5.578 5.461 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 239 SG CYS2 15 8.466 5.762 6.309 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 240 HG CYS2 15 8.764 5.185 5.148 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 241 C CYS2 15 6.841 5.543 8.845 1.00 0.00</p>
<p>ATOM 242 O CYS2 15 7.324 4.457 9.169 1.00 0.00</p>
<p>WARNING: atom H is missing in residue CYSH 15 in the pdb file<br>         You might need to add atom H to the hydrogen database of residue CYSH<br>         in the file ff???.hdb (see the manual)<br><br><br>WARNING: atom HA is missing in residue CYSH 15 in the pdb file<br>
         You might need to add atom HA to the hydrogen database of residue CYSH<br>         in the file ff???.hdb (see the manual)<br><br><br>WARNING: atom HB1 is missing in residue CYSH 15 in the pdb file<br>         You might need to add atom HB1 to the hydrogen database of residue CYSH<br>
         in the file ff???.hdb (see the manual)<br><br><br>WARNING: atom HB2 is missing in residue CYSH 15 in the pdb file<br>         You might need to add atom HB2 to the hydrogen database of residue CYSH<br>         in the file ff???.hdb (see the manual)<br>
<br></p></span></div>
<div><br>-- <br>Jack<br><br><a href="http://drugdiscoveryathome.com">http://drugdiscoveryathome.com</a><br><a href="http://hydrogenathome.org">http://hydrogenathome.org</a><br></div>