<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Do you really need all those tables?<br>I would think you onkly need to specify your wall table and no other tables.<br><br>As the documentation says (I think), the cut-off for the wall table is the length<br>of the table you specify.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 15 Jan 2010 11:02:40 +0100<br>From: qiaobf@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: Re: [gmx-users] 10-4-3 implicit wall potential<br><br>




  
  <title></title>


Dear prof. Berk,<br>
<br>
Since it is the first time I use the tabulated potential, I have lots
of questions about it. Could you help me out? Thanks a lot!<br>
<br>
I make the test in the system with only some waters between 2 implicit
walls.<br>
1. some related parameters of the .mdp file are listed&nbsp; below. Is there
anything wrong? <br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = SOL<br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; = xy<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>
vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>
DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>
table-extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>
energygrp_table&nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;&nbsp; <br>
;Walls<br>
nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>
wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; = table <br>
wall_r_linpot&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>
wall_atomtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = opls_135 opls_135&nbsp;&nbsp; <br>
wall_density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;<b>(the wall_density is included in
the tabulated potential, right?)</b> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>
<br>
2.&nbsp; The flags of mdrun are:<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; mdrun -deffnm table&nbsp; -tablep table_SOL_wall0.xvg
table_SOL_wall1.xvg -table table.xvg<br>
where table.xvg is copied from&nbsp; gmx_top_path/table6-12.xvg, and
table_SOL_wall0.xvg and table_SOL_wall1.xvg are the self-generated 9-3
potential (9-3 potential is used for the aim of testing and compare
with the&nbsp; default 9-3 potential of gromacs.)<br>
<b>Since I use only the tabulated potential between SOL-wall0 and
SOL-wall1, why do I need the table.xvg?&nbsp; Does it affect the coulomb/vdw
potential between SOL-SOL?</b><br>
<br>
3. In the table_SOL_wall0.xvg and table_SOL_wall1.xvg, the distance
range of 0-3nm is generated. max(rvdw, rcoulomb)=1.2 nm and
table-extension=1. The question is <b>what is the cutoff distance for
the tabulated SOL-wall0/wall1 potential, 2.2nm or 3nm?<br>
</b><br>
4. In the output file table.log,<br>
Table routines are used for coulomb: TRUE<br>
Table routines are used for vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<br>
Using a Gaussian width (1/beta) of 0.384195 nm for Ewald<br>
Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 1.2&nbsp;&nbsp; Coulomb: 1.2&nbsp;&nbsp; LJ: 1.2<br>
System total charge: 0.000<br>
Generated table with 1100 data points for Ewald.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for LJ6.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for LJ12.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Reading user tables for 1 energy groups with 2 walls<br>
Read user tables from table_SOL_wall0.xvg with 1501 data points.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Read user tables from table_SOL_wall1.xvg with 1501 data points.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
<br>
The question are: <br>
<b>a) Since Table is not used for vdw (FALSE),&nbsp; why table is generated
for LJ6/LJ12?<br>
b) Where does the value of&nbsp; "1100" data points come from? (Since
rvdw=1.2, tabscale=500, it should be 1400, not 1100!?)<br>
c) 1501 data points is generated for table_SOL_wall0/wall1, the answer
of the 3rd question (cutoff value for the tabulated potential
calculation) should be 3nm, right?</b><br>
<br>
Sorry for the lots of questions!<br>
<br>
best wishes,<br>
Baofu Qiao<br>
<br>
Berk Hess wrote:
<blockquote cite="mid:COL113-W50CFE1384778B1A8A7A6908E730@phx.gbl">
  <pre>Hi,<br><br>Why not use the tabulated wall potential?<br>That does not require are changes to the code.<br><br>Berk<br><br>  </pre>
  <blockquote>
    <pre>Date: Tue, 5 Jan 2010 14:13:30 +0100<br>From: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a><br>To: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>Subject: [gmx-users] 10-4-3 implicit wall potential<br><br>HI all,<br><br>Does anyone have experience to implement the 10-4-3 implicit wall<br>potential?  If I want to use it, which files do I need to change, except<br>wall.c? Can anyone give some suggestions?<br><br>Thanks a lot!<br><br>best wishes,<br>Baofu Qiao<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>    </pre>
  </blockquote>
  <pre>                                               <br>_________________________________________________________________<br>Express yourself instantly with MSN Messenger! Download today it's FREE!<br><a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/">http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/</a><br>  </pre>
</blockquote>
<br>                                               <br /><hr />New Windows 7: Simplify what you do everyday. <a href='http://windows.microsoft.com/shop' target='_new'>Find the right PC for you.</a></body>
</html>