Dear Nuno<br><br>thanks for your helpful suggestion. It worked successful. <br><br>But the following command mpirun -np 2 mdrun_mpi_d -v -s em_1.tpr -c em_1.pdb doesnt seem to run parallely. I have mentiond the output below. <br>

<br>....................<br>bansal@corsica:~/CKC/L2PJR&gt; mpirun -np 2 mdrun_mpi_d -v -s em_1.tpr -c em_1.pdb<br>[corsica:17339] [NO-NAME] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file runtime/orte_init_stage1.c at line 182<br>--------------------------------------------------------------------------<br>

It looks like orte_init failed for some reason; your parallel process is<br>likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can<br>fail during orte_init; some of which are due to configuration or<br>environment problems.  This failure appears to be an internal failure;<br>

here&#39;s some additional information (which may only be relevant to an<br>Open MPI developer):<br><br>  orte_rml_base_select failed<br>  --&gt; Returned value -13 instead of ORTE_SUCCESS<br><br>--------------------------------------------------------------------------<br>

[corsica:17339] [NO-NAME] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file runtime/orte_system_init.c at line 42<br>[corsica:17339] [NO-NAME] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file runtime/orte_init.c at line 52<br>--------------------------------------------------------------------------<br>

Open RTE was unable to initialize properly.  The error occured while<br>attempting to orte_init().  Returned value -13 instead of ORTE_SUCCESS.<br>--------------------------------------------------------------------------<br>

<br clear="all">Chandan<br><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 15, 2010 at 5:04 PM, Nuno Azoia <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nazoia@det.uminho.pt">nazoia@det.uminho.pt</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hello!<br>
<br>
I had the same problem, and for me the solution was to set up the<br>
openmpi/lib directory. The compiler is not able to find it alone.<br>
<br>
I&#39;m using bash, so for me the solution was:<br>
<br>
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/your/directory/openmpi/lib<br>
<br>
of course you have to change &quot;/your/directory&quot; with the correct path in<br>
your system.<br>
<br>
I hope this will help.<br>
<br>
Nuno Azoia<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Fri, 2010-01-15 at 12:30 +0530, Chandan Choudhury wrote:<br>
&gt; Hello gmx-users !!<br>
&gt;<br>
&gt; I am trying to install gromacs 4.0.7 double precision with mpi. I<br>
&gt; downloaded openmpi-1.4. and installed it.<br>
&gt; Then executed<br>
&gt; ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi_d<br>
&gt; --prefix=/usr/local/gromacs407_double_mpi --enable-double<br>
&gt;<br>
&gt; It showed checking for mpicc...<br>
&gt; mpicc<br>
&gt; checking whether the MPI cc command works...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for catamount...<br>
&gt; no<br>
&gt; checking how to run the C preprocessor... mpicc<br>
&gt; -E<br>
&gt; checking whether mpicc accepts -O3...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking whether mpicc accepts -funroll-all-loops...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking whether mpicc accepts  -O3 -fomit-frame-pointer<br>
&gt; -finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for grep that handles long lines and<br>
&gt; -e... /usr/bin/grep<br>
&gt; checking for egrep... /usr/bin/grep<br>
&gt; -E<br>
&gt; checking for ANSI C header files...<br>
&gt; no<br>
&gt; checking for sys/types.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for sys/stat.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for stdlib.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for string.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for memory.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for strings.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for inttypes.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for stdint.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking for unistd.h...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking whether byte ordering is bigendian...<br>
&gt; no<br>
&gt; checking for int...<br>
&gt; yes<br>
&gt; checking size of int... configure: error: cannot compute sizeof<br>
&gt; (int)<br>
&gt; See `config.log&#39; for more details.<br>
&gt;<br>
&gt; The part of the config.log reads as:<br>
&gt;<br>
&gt; --configure:4577: checking whether the MPI cc command works<br>
&gt; configure:4601: mpicc -o conftest -g -O2   conftest.c  &gt;&amp;5<br>
&gt; configure:4607: $? = 0<br>
&gt; configure:4613: result: yes<br>
&gt; configure:4636: checking for catamount<br>
&gt; configure:4664: mpicc -c -g -O2  conftest.c &gt;&amp;5<br>
&gt; conftest.c:20:2: error: #error not catamount<br>
&gt; configure:4670: $? = 1<br>
&gt; configure: failed program was:<br>
&gt; | /* confdefs.h.  */<br>
&gt; | #define PACKAGE_NAME &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_TARNAME &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_STRING &quot;gromacs 4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_BUGREPORT &quot;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define GMX_DOUBLE<br>
&gt; | #define GMX_SOFTWARE_SQRT<br>
&gt; | #define GMX_QMMM_GAUSSIAN<br>
&gt; | #define BUILD_TIME &quot;Sun Jan 17 01:26:27 EST 2010&quot;<br>
&gt; | #define BUILD_USER &quot;root@corsica&quot;<br>
&gt; | #define BUILD_MACHINE &quot;Linux 2.6.31.5-0.1-desktop i686&quot;<br>
&gt; | #define GMX_MPI<br>
&gt; | /* end confdefs.h.  */<br>
&gt; |<br>
&gt; | #if defined __QK_USER__<br>
&gt; | #else<br>
&gt; | #error not catamount<br>
&gt; | #endif<br>
&gt; |<br>
&gt; | int<br>
&gt; | main ()<br>
&gt; | {<br>
&gt; |<br>
&gt; |   ;<br>
&gt; |   return 0;<br>
&gt; | }<br>
&gt; configure:4706: result: no<br>
&gt; configure:5590: checking how to run the C preprocessor<br>
&gt; configure:5630: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; configure:5636: $? = 0<br>
&gt; configure:5667: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; conftest.c:19:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory<br>
&gt; |<br>
&gt; | int<br>
&gt; | main ()<br>
&gt; | {<br>
&gt; |<br>
&gt; |   ;<br>
&gt; |   return 0;<br>
&gt; | }<br>
&gt; configure:4706: result: no<br>
&gt; configure:5590: checking how to run the C preprocessor<br>
&gt; configure:5630: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; configure:5636: $? = 0<br>
&gt; configure:5667: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; conftest.c:19:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory<br>
&gt; configure:5673: $? = 1<br>
&gt; configure: failed program was:<br>
&gt; | /* confdefs.h.  */<br>
&gt; | #define PACKAGE_NAME &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_TARNAME &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_STRING &quot;gromacs 4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE_BUGREPORT &quot;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&quot;<br>
&gt; | #define PACKAGE &quot;gromacs&quot;<br>
&gt; | #define VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>
&gt; | #define GMX_DOUBLE<br>
&gt; | #define GMX_SOFTWARE_SQRT<br>
&gt; | #define GMX_QMMM_GAUSSIAN<br>
&gt; | #define BUILD_TIME &quot;Sun Jan 17 01:26:27 EST 2010&quot;<br>
&gt; | #define BUILD_USER &quot;root@corsica&quot;<br>
&gt; | #define BUILD_MACHINE &quot;Linux 2.6.31.5-0.1-desktop i686&quot;<br>
&gt; | #define GMX_MPI<br>
&gt; | #define F77_OR_C_FUNC(name,NAME) name<br>
&gt; | #define F77_OR_C_FUNC_(name,NAME) name<br>
&gt; | /* end confdefs.h.  */<br>
&gt; | #include &lt;ac_nonexistent.h&gt;<br>
&gt; configure:5706: result: mpicc -E<br>
&gt; configure:5735: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; configure:5741: $? = 0<br>
&gt; configure:5772: mpicc -E  conftest.c<br>
&gt; conftest.c:19:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory<br>
&gt; ..............................................................................................<br>
&gt; ..............................................................................................<br>
&gt; configure:6203: checking whether mpicc accepts -O3<br>
&gt; configure:6221: result: yes<br>
&gt; configure:6501: checking whether mpicc accepts -funroll-all-loops<br>
&gt; configure:6519: result: yes<br>
&gt; configure:6558: checking whether mpicc accepts  -O3<br>
&gt; -fomit-frame-pointer -finline-functions -Wall -Wno-unused<br>
&gt; -funroll-all-loops<br>
&gt; configure:6576: result: yes<br>
&gt; configure:6668: checking for grep that handles long lines and -e<br>
&gt; configure:6742: result: /usr/bin/grep<br>
&gt; configure:6747: checking for egrep<br>
&gt; configure:6825: result: /usr/bin/grep -E<br>
&gt; configure:6830: checking for ANSI C header files<br>
&gt; configure:6868: mpicc -c  -O3 -fomit-frame-pointer -finline-functions<br>
&gt; -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops  conftest.c &gt;&amp;5<br>
&gt; configure:6874: $? = 0<br>
&gt; configure:6973: mpicc -o conftest  -O3 -fomit-frame-pointer<br>
&gt; -finline-functions -Wall -Wno-unused -funroll-all-loops    conftest.c<br>
&gt; &gt;&amp;5<br>
&gt; configure:6976: $? = 0<br>
&gt; configure:6982: ./conftest<br>
&gt; ./conftest: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot<br>
&gt; open shared object file: No such file or directory<br>
&gt; configure:6985: $? = 127<br>
&gt; configure: program exited with status 127<br>
&gt;<br>
&gt; I also searched the gmx-users list, but cant understand it. Google<br>
&gt; also didnt help me.<br>
&gt;<br>
&gt; Looking forward from you all.<br>
&gt;<br>
&gt; Chandan<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Chandan kumar Choudhury<br>
&gt; NCL, Pune<br>
&gt; INDIA<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>