<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><BR>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid"><BR>
<DIV id=yiv986652760>
<TABLE cellSpacing=0 cellPadding=0 border=0>
<TBODY>
<TR>
<TD vAlign=top>
<DIV>Dear All</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have run different conformations of a polypeptide in spc water for 1ns, keeping the box size, volume and no. of water molecules same.</DIV>
<DIV>Can i compare the enrgies of the different conformations after simulation and on its basis say which one of them is stable. </DIV>
<DIV>also, to see the conformation in its most stable form can i take that time point when the energy was minimum?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>regards</DIV>
<DIV>nur</DIV></TD></TR></TBODY></TABLE><BR>
<HR SIZE=1>
The INTERNET now has a personality. YOURS! <A href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target=_blank rel=nofollow>See your Yahoo! Homepage</A>.</DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table><br>



      <!--1--><hr size=1></hr> 
The INTERNET now has a personality. YOURS! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_yyi_1/*http://in.yahoo.com/" target="_blank">See your Yahoo! Homepage</a>.