<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br /><br /><span>On 01/20/10, <b class="name">Carla Jamous </b> &lt;carlajamous@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:e02c90f11001190618h47c24986wb0cfb099bc52435d@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">Hi,<br />I've been using gromacs to run some tests but it's the first time I need to heat my system very slowly, knowing that it is a quite large  system.<br /><br />;<br />;    User spoel (236)<br />;    Wed Nov  3 17:12:44 1993<br />
;    Input file<br />;<br />title               =  Yo<br />cpp                 =  /usr/bin/cpp<br />constraints         =  all-bonds<br />constraint_algorithm  =  Lincs<br />lincs_iter          =  2<br />integrator          =  md<br />dt                  =  0.002    ; ps !<br />
nsteps              =  225000    ; total 450 ps.<br />nstcomm             =  1<br />nstxout             =  250      ; collect data every 0.5 ps<br />nstvout             =  500     ; collect velocities every 1 ps<br />nstfout             =  0<br />
nstlog              =  50<br />nstenergy           =  50      ; collect energies every 0.1 ps<br />nstlist             =  10<br />ns_type             =  grid<br />rlist               =  0.9<br />coulombtype         =  PME<br />rcoulomb            =  0.9<br />
vdwtype             =  cut-off<br />rvdw                =  1.2<br />fourierspacing      =  0.12<br />fourier_nx          =  0<br />fourier_ny          =  0<br />fourier_nz          =  0<br />pme_order           =  4<br />ewald_rtol          =  1e-5<br />
optimize_fft        =  yes<br />annealing           =  single  single<br />annealing_npoints   =  10      10<br />annealing_time      =  0 100 105 200 202 250 252 350 355 450 0 100 105 200 202 250 252 350 355 450<br />annealing_temp      =  50 50 100 100 150 150 200 200 300 300 50 50 100 100 150 150 200 200 300 300<br />
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br />Tcoupl              =  Berendsen<br />tc-grps            =  Protein    Non-protein<br />tau_t               =  0.1    0.1<br />ref_t               =  300    300<br />; Energy monitoring<br />
energygrps          =  Protein  Non-protein<br />; Isotropic pressure coupling is now on<br />Pcoupl              =  no<br />Pcoupltype          =  isotropic<br />tau_p               =  0.5<br />compressibility     =  4.5e-5<br />ref_p               =  1.0<br />
; Generate velocites is off at 300 K.<br />gen_vel             =  yes<br />gen_temp            =  300.0<br />gen_seed            =  173529<br /><br />Please can anyone tell me if my mdp file is correct? I have a serious doubt about gen_temp &amp; Tcoupling.<br />
</div></blockquote></div>Check the manual section in 7.3 about annealing (your times look weird), and try it and see with nstlog=1. If the initial velocities are huge, then <br _moz_dirty="" />you don't want gen_vel.<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Mark<br _moz_dirty="" />