Hi,<br><br>After one of my simulation had crashed, I had used gmxdump to look into it.  What stoke me was the all atoms have the same atomnumer:<br> atom[     0]={type=  0, typeB=  0, ptype=    Atom, m= 1.40067e+01, q= 1.29000e-01, mB= 1.40067e+01, qB= 1.29000e-01, resnr=    0, atomnumber=-12345}<br>
         atom[     1]={type=  1, typeB=  1, ptype=    Atom, m= 1.00800e+00, q= 2.48000e-01, mB= 1.00800e+00, qB= 2.48000e-01, resnr=    0, atomnumber=-12345}<br>         atom[     2]={type=  1, typeB=  1, ptype=    Atom, m= 1.00800e+00, q= 2.48000e-01, mB= 1.00800e+00, qB= 2.48000e-01, resnr=    0, atomnumber=-12345}<br>
         atom[     3]={type=  1, typeB=  1, ptype=    Atom, m= 1.00800e+00, q= 2.48000e-01, mB= 1.00800e+00, qB= 2.48000e-01, resnr=    0, atomnumber=-12345}<br>         atom[     4]={type=  2, typeB=  2, ptype=    Atom, m= 1.30190e+01, q= 1.27000e-01, mB= 1.30190e+01, qB= 1.27000e-01, resnr=    0, atomnumber=-12345}<br>
         <br><br>and so on...<br><br>I wonder if someone knows what the origin of this error and how to over come it?<br><br>In addition, it is vary strange that the simulation run for 100ps before it crashed. <br><br>All the best,<br>
Itamar.<br><br><br><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="moz-txt-tag">-- <br></span>
<br>
<br>&quot;In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is.&quot; - Jan L.A. van de Snepscheut
<br>
<br>===========================================
<br>| Itamar Kass, Ph.D.
<br>| Postdoctoral Research Fellow
<br>|
<br>| Department of Biochemistry and Molecular Biology
<br>| Building 77 Clayton Campus
<br>| Wellington Road
<br>| Monash University,
<br>| Victoria 3800
<br>| Australia
<br>|
<br>| Tel: +61 3 9902 9376
<br>| Fax: +61 3 9902 9500
<br>| E-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Itamar.Kass@med.monash.edu.au">Itamar.Kass@med.monash.edu.au</a>
<br>============================================
<br>