<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">Hi all !</font></div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font> </div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">I have a results of my MD and i have found a water molecule that was getting closer to my substrate on one frame of my dynamic. The distance is 3.4 A. Now I have to immobillize this water on this distance during the next step of MD by using a harmonic potential as the distance constraint, where the force constant is about 200 kcal/....I understand that i have to create an index file, it&#39;s ok, but my mdp is bad rather COM pulling in gromacs 4.0.5...</font></div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font> </div>
<div>protein - my substrate</div>
<div>LIN - my water</div>
<div><span lang="RU">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; COM PULLING </font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull = umbrella</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Pull geometry: distance, direction, cylinder or position</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_geometry = </font></p></span><span lang="EN"><font face="arial,helvetica,sans-serif">distance</font></span><span lang="RU">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Select components for the pull vector. default: Y Y Y</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_dim = </font></p></span><font face="arial,helvetica,sans-serif"><span lang="EN">N</span><span lang="RU"> N </span><span lang="EN">Y</span></font><span lang="RU">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_r1 = 1</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Switch from r1 to r0 in case of dynamic reaction force</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_r0 = 1.5</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_constr_tol = 1e-06</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_start = yes</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_nstxout = 10</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_nstfout = 1</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Number of pull groups </font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_ngroups = 1</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Group name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps), kJ/(mol*nm^2)</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_group0 = Protein</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_weights0 = </font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_pbcatom0 = 0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_group1 = LIN</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_weights1 = </font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_pbcatom1 = 0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_vec1 = 0.0 0.0 0</font></p></span><span lang="EN"><font face="arial,helvetica,sans-serif">.0</font></span><span lang="RU">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_init1 = 0.34</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_rate1 = 0.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_k1 = </font></p></span><span lang="EN"><font face="arial,helvetica,sans-serif">837</font></span><span lang="RU">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">pull_kB1 = 837</font></p>
<p> </p>
<p>I&#39;ve also tried cylynder geometry, changing pull_dim = ... but my water still goes out.</p>
<p>Thank you for help!</p></span><span lang="EN"></span></div>