Thanks Justin, I used specbond.dat with a 0.15nm searching distance to create the bond, it seemed to work.<br><br>Ramon<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 22, 2010 at 2:40 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Jose Tusell wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I&#39;m trying to construct diketopiperazine with gromacs.  The problem that I have right now is forming the bond that unites the C and N termi to make the cyclic peptide.  I tried using specbond.dat but so far I&#39;ve been unsucessful.  Here is my specbond.dat file and pdb file:<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
I believe there is a fundamental limitation with pdb2gmx - it doesn&#39;t deal with cyclic species.  Every post I&#39;ve seen about this issue has been along the lines of &quot;generate the normal topology and add the missing bonded parameters manually.&quot;<br>

<br>
I also think the specbond.dat file could never work anyway.  The distance between your C and N atoms appears to be right about 0.15 nm, so a 0.2-nm criterion (+/- 10%) will never detect that a bond should be created between these two atoms anyway.  Just FYI for the future.<br>
<font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
specbond.dat<br>
8<br>
CYS     SG      1       CYS     SG      1       0.2     CYS2    CYS2<br>
CYS     SG      1       HEME    FE      2       0.25    CYS2    HEME<br>
CYS     SG      1       HEME    CAB     1       0.18    CYS2    HEME<br>
CYS     SG      1       HEME    CAC     1       0.18    CYS2    HEME<br>
HIS     NE2     1       HEME    FE      1       0.2     HIS1    HEME<br>
MET     SD      1       HEME    FE      1       0.24    MET     HEME<br>
CYM     SG      1       CYM     SG      1       0.2     CYS2    CYS2<br>
TRP      N      1       HISH     C      1       0.2     TRP     HISH<br>
<br>
whdikp.pdb<br>
REMARK       S  14 x 14 mn oif<br>
ATOM      1  N   TRP    1       -0.813   0.594   1.164<br>
ATOM      2  H   TRP    1       -0.249   1.064   1.843<br>
ATOM      3  CA  TRP    1       -0.264  -0.210   0.004<br>
ATOM      4  HA  TRP    1        0.855  -0.244   0.066<br>
ATOM      5  CB  TRP    1       -0.633   0.484  -1.321<br>
ATOM      6  HB1 TRP    1       -1.672   0.344  -1.531<br>
ATOM      7  HB2 TRP    1       -0.408   1.528  -1.262<br>
ATOM      8  CG  TRP    1        0.205  -0.166  -2.397<br>
ATOM      9  CD1 TRP    1        0.227  -1.464  -2.727<br>
ATOM     10  HD1 TRP    1       -0.407  -2.173  -2.195<br>
ATOM     11  CD2 TRP    1        1.119   0.455  -3.258<br>
ATOM     12  NE1 TRP    1        1.166  -1.607  -3.796<br>
ATOM     13  HE1 TRP    1        1.401  -2.473  -4.259<br>
ATOM     14  CE2 TRP    1        1.673  -0.432  -4.078<br>
ATOM     15  CE3 TRP    1        1.485   1.803  -3.344<br>
ATOM     16  HE3 TRP    1        1.065   2.575  -2.699<br>
ATOM     17  CZ2 TRP    1        2.626  -0.117  -5.054<br>
ATOM     18  HZ2 TRP    1        3.035  -0.902  -5.690<br>
ATOM     19  CZ3 TRP    1        2.444   2.145  -4.320<br>
ATOM     20  HZ3 TRP    1        2.741   3.190  -4.402<br>
ATOM     21  CH2 TRP    1        2.990   1.222  -5.140<br>
ATOM     22  HH2 TRP    1        3.727   1.540  -5.878<br>
ATOM     23  C   TRP    1       -0.816  -1.621   0.004<br>
ATOM     24  O   TRP    1       -0.072  -2.712   0.004<br>
ATOM     25  N   HISH   2       -2.331  -1.621   0.004<br>
ATOM     26  H   HISH   2       -2.895  -2.093  -0.674<br>
ATOM     27  CA  HISH   2       -2.881  -0.816   1.162<br>
ATOM     28  HA  HISH   2       -4.000  -0.781   1.098<br>
ATOM     29  CB  HISH   2       -2.516  -1.510   2.488<br>
ATOM     30  HB1 HISH   2       -1.564  -1.990   2.400<br>
ATOM     31  HB2 HISH   2       -2.494  -0.794   3.283<br>
ATOM     32  CG  HISH   2       -3.591  -2.538   2.747<br>
ATOM     33  ND1 HISH   2       -3.867  -3.560   1.846<br>
ATOM     34  HD1 HISH   2       -3.399  -3.715   0.964<br>
ATOM     35  CD2 HISH   2       -4.447  -2.700   3.792<br>
ATOM     36  HD2 HISH   2       -4.608  -2.157   4.723<br>
ATOM     37  CE1 HISH   2       -4.846  -4.291   2.344<br>
ATOM     38  HE1 HISH   2       -5.219  -5.152   1.791<br>
ATOM     39  NE2 HISH   2       -5.203  -3.793   3.502<br>
ATOM     40  HE2 HISH   2       -5.932  -4.166   4.093<br>
ATOM     41  C   HISH   2       -2.329   0.595   1.164<br>
ATOM     42  O   HISH   2       -3.089   1.710   1.164<br>
<br>
Thanks for any suggestions,<br>
<br>
Jose Tusell<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div><div><div></div><div class="h5">
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>