<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>you should set one pull group, not 700. The number of atoms in your</div><div>pull group is 700. Freezing the pull group in x and y direction probably</div><div>does what you want. Please also consider to upgrade to 4.0.7,</div><div>which is the most recent stable version.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>&nbsp;&nbsp;Carsten</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div>On Jan 22, 2010, at 7:41 AM, <a href="mailto:toby10222224@sina.com">toby10222224@sina.com</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US">Dear all:</span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>I’m using Gromacs-<st1:chsdate w:st="on" year="1899" month="12" day="30" islunardate="False" isrocdate="False"><st1:chsdate w:st="on" year="1899" month="12" day="30" islunardate="False" isrocdate="False">4.0.5</st1:chsdate> a</st1:chsdate>nd I want to use the pull code to pull a slab of griphene to move along the Z direction in the simulation (Steered Molecular Dynamics-SMD). The griphene has 700 carbon atoms and the positions of the 700 atoms are expected to be immobile in the X and Y direction. </span></div><div style="text-indent: 21pt; margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US">The following is the PULL CODE in my mdp file. However, when I used this code for my simulation the error always came out as “Number of weights (1) for pull group 1 'sla' does not match the number of atoms (700)”.</span></div><div style="text-indent: 21pt; margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0cm; "><span lang="EN-US">So here are my doubts about this simulation:</span></div><div style="text-indent: -18pt; margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 18pt; "><span style="mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'" lang="EN-US"><span style="mso-list: Ignore">1.<span style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></span></span><span lang="EN-US">Can Gromacs-<st1:chsdate w:st="on" year="1899" month="12" day="30" islunardate="False" isrocdate="False">4.0.5</st1:chsdate> do this for me, especially keeping the C atoms immobile in X and Y direction while moving along the Z direction?</span></div><div style="text-indent: -18pt; margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 18pt; "><span style="mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'" lang="EN-US"><span style="mso-list: Ignore">2.<span style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></span></span><span lang="EN-US">In my simulation, every carbon atom in the slab of griphene was defined as a group. Is it right?</span></div><div style="text-indent: -18pt; margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 18pt; "><span style="mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'" lang="EN-US"><span style="mso-list: Ignore">3.<span style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span></span></span><span lang="EN-US">How to give the “</span><strong><span style="COLOR: red; mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">pull_weights<st1:chmetcnv w:st="on" unitname="”" sourcevalue="1" hasspace="False" negative="False" numbertype="1" tcsc="0">1<span style="COLOR: windowtext; FONT-WEIGHT: normal; mso-bidi-font-size: 12.0pt">”</span></st1:chmetcnv></span></strong><span lang="EN-US"> to avoid the above ERROR? </span></div><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 18pt; "><span lang="EN-US">Any suggestions and answers are welcome. Thank you in advance!</span></div><p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt 18pt" class="MsoNormal"><span lang="EN-US"></span>&nbsp;</p><div style="margin-top: 0cm; margin-right: 0cm; margin-bottom: 0pt; margin-left: 0cm; "><span style="mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">; COM PULLING&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force<br>pull&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= constant_force<br>; Pull geometry: distance, direction, cylinder or position<br>pull_geometry&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= distance<br>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<br>pull_dim&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= N N Y<br>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<br>pull_r1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= <br>; Switch from r1 to r<st1:chmetcnv w:st="on" unitname="in" sourcevalue="0" hasspace="True" negative="False" numbertype="1" tcsc="0">0 in</st1:chmetcnv> case of dynamic reaction force<br>pull_r0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= <br>pull_constr_tol&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; = 1e-06<br>pull_start&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= no<br>pull_nstxout&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; = 10<br>pull_nstfout&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; = 10<br>; Number of pull groups <br><strong><span style="COLOR: red">pull_ngroups&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; = 700</span></strong><br>; <span class="ttag">Group</span> name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps), kJ/(mol*nm^2)<br>pull_group0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= <br>pull_weights0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= <br>pull_pbcatom0&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= <br>pull_group1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= sla<br><strong><span style="COLOR: red">pull_weights1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1</span></strong><br>pull_pbcatom1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0<br>pull_vec1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; = 0.0 0.0 1.0<br>pull_init1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.0<br>pull_rate1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0<br>pull_k1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.2e-4<br>pull_kB1&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0</span></div>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: medium;"><br></span></div></div></span></span></div></div></body></html>