<P>Hi Carsten:</P>
<P>Thank you for your answers. I don't know whether I am right to reply to <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target=_blank>gmx-users@gromacs.org</A>. If I am wrong, please tell me.</P>
<P>As in my last letter, I said I was not able to set "<SPAN style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; COLOR: red; FONT-SIZE: 10.5pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US><STRONG>pull_weights1</STRONG></SPAN>" correctly. I have red the mannual, but I don't understand what it tells. I'll do with your recommendation, setting one pull group which contains 700 atoms and using Gromacs-4.0.7. Then how to set the "<SPAN style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; COLOR: red; FONT-SIZE: 10.5pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US><STRONG>pull_weights1</STRONG></SPAN>" ?</P>
<P>Best regards!</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Hi,<BR><BR>you&nbsp;should&nbsp;set&nbsp;one&nbsp;pull&nbsp;group,&nbsp;not&nbsp;700.&nbsp;The&nbsp;number&nbsp;of&nbsp;atoms&nbsp;in&nbsp;your<BR>pull&nbsp;group&nbsp;is&nbsp;700.&nbsp;Freezing&nbsp;the&nbsp;pull&nbsp;group&nbsp;in&nbsp;x&nbsp;and&nbsp;y&nbsp;direction&nbsp;probably<BR>does&nbsp;what&nbsp;you&nbsp;want.&nbsp;Please&nbsp;also&nbsp;consider&nbsp;to&nbsp;upgrade&nbsp;to&nbsp;4.0.7,<BR>which&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;most&nbsp;recent&nbsp;stable&nbsp;version.<BR><BR>Best,<BR>&nbsp;&nbsp;Carsten<BR><BR><BR>On&nbsp;Jan&nbsp;22,&nbsp;2010,&nbsp;at&nbsp;7:41&nbsp;AM,&nbsp;toby10222224@sina.com&nbsp;wrote:<BR><BR>&gt;&nbsp;Dear&nbsp;all:<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I’m&nbsp;using&nbsp;Gromacs-4.0.5&nbsp;and&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;the&nbsp;pull&nbsp;code&nbsp;to&nbsp;pull&nbsp;a&nbsp;slab&nbsp;of&nbsp;griphene&nbsp;to&nbsp;move&nbsp;along&nbsp;the&nbsp;Z&nbsp;direction&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;simulation&nbsp;(Steered&nbsp;Molecular&nbsp;Dynamics-SMD).&nbsp;The&nbsp;griphene&nbsp;has&nbsp;700&nbsp;carbon&nbsp;atoms&nbsp;and&nbsp;the&nbsp;positions&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;700&nbsp;atoms&nbsp;are&nbsp;expected&nbsp;to&nbsp;be&nbsp;immobile&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;X&nbsp;and&nbsp;Y&nbsp;direction.<BR>&gt;&nbsp;The&nbsp;following&nbsp;is&nbsp;the&nbsp;PULL&nbsp;CODE&nbsp;in&nbsp;my&nbsp;mdp&nbsp;file.&nbsp;However,&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;used&nbsp;this&nbsp;code&nbsp;for&nbsp;my&nbsp;simulation&nbsp;the&nbsp;error&nbsp;always&nbsp;came&nbsp;out&nbsp;as&nbsp;“Number&nbsp;of&nbsp;weights&nbsp;(1)&nbsp;for&nbsp;pull&nbsp;group&nbsp;1&nbsp;'sla'&nbsp;does&nbsp;not&nbsp;match&nbsp;the&nbsp;number&nbsp;of&nbsp;atoms&nbsp;(700)”.<BR>&gt;&nbsp;So&nbsp;here&nbsp;are&nbsp;my&nbsp;doubts&nbsp;about&nbsp;this&nbsp;simulation:<BR>&gt;&nbsp;1.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Can&nbsp;Gromacs-4.0.5&nbsp;do&nbsp;this&nbsp;for&nbsp;me,&nbsp;especially&nbsp;keeping&nbsp;the&nbsp;C&nbsp;atoms&nbsp;immobile&nbsp;in&nbsp;X&nbsp;and&nbsp;Y&nbsp;direction&nbsp;while&nbsp;moving&nbsp;along&nbsp;the&nbsp;Z&nbsp;direction?<BR>&gt;&nbsp;2.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;In&nbsp;my&nbsp;simulation,&nbsp;every&nbsp;carbon&nbsp;atom&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;slab&nbsp;of&nbsp;griphene&nbsp;was&nbsp;defined&nbsp;as&nbsp;a&nbsp;group.&nbsp;Is&nbsp;it&nbsp;right?<BR>&gt;&nbsp;3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;How&nbsp;to&nbsp;give&nbsp;the&nbsp;“pull_weights1”&nbsp;to&nbsp;avoid&nbsp;the&nbsp;above&nbsp;ERROR?<BR>&gt;&nbsp;Any&nbsp;suggestions&nbsp;and&nbsp;answers&nbsp;are&nbsp;welcome.&nbsp;Thank&nbsp;you&nbsp;in&nbsp;advance!<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;COM&nbsp;PULLING&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Pull&nbsp;type:&nbsp;no,&nbsp;umbrella,&nbsp;constraint&nbsp;or&nbsp;constant_force<BR>&gt;&nbsp;pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;constant_force<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Pull&nbsp;geometry:&nbsp;distance,&nbsp;direction,&nbsp;cylinder&nbsp;or&nbsp;position<BR>&gt;&nbsp;pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;distance<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Select&nbsp;components&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;pull&nbsp;vector.&nbsp;default:&nbsp;Y&nbsp;Y&nbsp;Y<BR>&gt;&nbsp;pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;N&nbsp;N&nbsp;Y<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Cylinder&nbsp;radius&nbsp;for&nbsp;dynamic&nbsp;reaction&nbsp;force&nbsp;groups&nbsp;(nm)<BR>&gt;&nbsp;pull_r1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Switch&nbsp;from&nbsp;r1&nbsp;to&nbsp;r0&nbsp;in&nbsp;case&nbsp;of&nbsp;dynamic&nbsp;reaction&nbsp;force<BR>&gt;&nbsp;pull_r0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;pull_constr_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1e-06<BR>&gt;&nbsp;pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;no<BR>&gt;&nbsp;pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;10<BR>&gt;&nbsp;pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;10<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Number&nbsp;of&nbsp;pull&nbsp;groups&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;700<BR>&gt;&nbsp;;&nbsp;Group&nbsp;name,&nbsp;weight&nbsp;(default&nbsp;all&nbsp;1),&nbsp;vector,&nbsp;init,&nbsp;rate&nbsp;(nm/ps),&nbsp;kJ/(mol*nm^2)<BR>&gt;&nbsp;pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;pull_weights0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;pull_pbcatom0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;<BR>&gt;&nbsp;pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;sla<BR>&gt;&nbsp;pull_weights1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1<BR>&gt;&nbsp;pull_pbcatom1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0<BR>&gt;&nbsp;pull_vec1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.0&nbsp;0.0&nbsp;1.0<BR>&gt;&nbsp;pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0.0<BR>&gt;&nbsp;pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0<BR>&gt;&nbsp;pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;1.2e-4<BR>&gt;&nbsp;pull_kB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;0<BR></P>