<br>Hi Chris,<br><br>the pdo file was attached at the bottom of my previous e-mail. As for<br>the output, you may read the information about the COMs in the md.log<br>file. Here there is an extended portion of it at the beginning of the simulation:<br>
<br>**************************************************<br>                         PULL INFO<br>**************************************************<br>RUN TYPE: Constraint<br>REFERENCE TYPE: center of mass of reference group at t=0<br>
Looking for group protein_a: found group protein_a: 1323 elements. First: 1<br>Looking for group protein_b: found group protein_b: 1323 elements. First: 1324<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 0.000070<br>
Initial coordinates center of mass:    3.100    2.983    3.377<br>Initializing reference group. Inv. mass: 0.000070<br>Initial coordinates center of mass:    2.972    3.006    8.821<br><br>Constraining the starting coordinates (step -2)<br>
<br><br>And here the same at the beginning of another simulation continuing<br>from the previous one (duration 1.5 ns):<br><br>**************************************************<br>                         PULL INFO                      <br>
**************************************************   <br>RUN TYPE: Constraint        <br>REFERENCE TYPE: center of mass of reference group at t=0<br>Looking for group protein_a: found group protein_a: 1323 elements. First: 1<br>
Looking for group protein_b: found group protein_b: 1323 elements. First: 1324<br>Initializing pull groups. Inv. mass of group 1: 0.000070<br>Initial coordinates center of mass:    3.040    3.690    2.740<br>Initializing reference group. Inv. mass: 0.000070<br>
Initial coordinates center of mass:    2.976    3.005    8.828<br>       <br>Constraining the starting coordinates (step -2).<br><br><br>Let me know what you think, thanks. <br><br> Giuseppe<br><br><br><div class="gmail_quote">
2010/1/24  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Please provide actual gromacs output and tell us where it is from. I know it&#39;s sad, but not all of us can recall what the gromacs 3.3.3 .pdo file format looked like. So please include a sufficiently large portion of the file to help us recall. If, on the other hand, these values that you place below are from some other tool, then let us know the details about that.<br>

<br>
-- original message --<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I&#39;m trying to do constrained simulations of a system consisting of two<br>
solvated proteins separated at a given distance. Inside the box there are<br>
also<br>
around 14.000 water molecules. At the bottom there is the .pdo<br>
file (I&#39;m using gromacs 3.3.3).<br>
<br>
However, it seems as it does not work. At the beginning of a simulation of<br>
1.5 ns<br>
this was the positions of the centers of mass of the two proteins:<br>
<br>
Initial coordinates center of mass:    3.100    2.983    3.377<br>
Initial coordinates center of mass:    2.972    3.006    8.821<br>
<br>
After 1.5 ns:<br>
<br>
Initial coordinates center of mass:    3.040    3.690    2.740<br>
Initial coordinates center of mass:    2.976    3.005    8.828<br>
<br>
The distance changed from 5.445 nm to 6.127 nm.<br>
What&#39;s wrong?<br>
<br>
I appreciate your advice on this issue. Thank you very much in advance,<br>
<br>
Joseph<br>
<br>
<br>
; GENERAL<br>
verbose                  = no<br>
Skip steps               = 1<br>
; Runtype: afm, constraint, umbrella<br>
runtype                  = constraint<br>
; Groups to be pulled<br>
group_1                  = protein_a<br>
; The group for the reaction force.<br>
reference_group          = protein_b<br>
; Weights for all atoms in each group (default all 1)<br>
weights_1                =<br>
weights_2                =<br>
weights_3                =<br>
weights_4                =<br>
reference_weights        =<br>
; Ref. type: com, com_t0, dynamic, dynamic_t0<br>
reftype                  = com_t0<br>
; Use running average for reflag steps for com calculation<br>
reflag                   = 1<br>
; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<br>
pulldim                  = Y Y Y<br>
; DYNAMIC REFERENCE GROUP OPTIONS<br>
; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<br>
r                        = 1<br>
; Switch from r to rc in case of dynamic reaction force<br>
rc                       = 1.2<br>
; Update frequency for dynamic reference groups (steps)<br>
update                   = 1<br>
<br>
; CONSTRAINT RUN OPTIONS<br>
; Direction, default: 0 0 0, no direction<br>
constraint_direction     = 1.0 1.0 1.0<br>
; Rate of chance of the constraint length, in nm/ps<br>
;constraint_rate          = 0.0<br>
; Tolerance of constraints, in nm<br>
constraint_tolerance     = 1e-06<br>
CONSTRAINED SIMULATIONS<br>
Giuseppe Pellicane giuseppepellicane at <a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><br>
Sun Jan 24 11:27:23 CET 2010<br>
<br>
    * Previous message: [gmx-users] simulation crash with GROMOS96 force field<br>
    * Next message: [gmx-users] Re: gas adsorption on CNT<br>
    * Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I&#39;m trying to do constrained simulations of a system consisting of two<br>
solvated proteins separated at a given distance. Inside the box there are<br>
also<br>
around 14.000 water molecules. At the bottom there is the .pdo<br>
file (I&#39;m using gromacs 3.3.3).<br>
<br>
However, it seems as it does not work. At the beginning of a simulation of<br>
1.5 ns<br>
this was the positions of the centers of mass of the two proteins:<br>
<br>
Initial coordinates center of mass:    3.100    2.983    3.377<br>
Initial coordinates center of mass:    2.972    3.006    8.821<br>
<br>
After 1.5 ns:<br>
<br>
Initial coordinates center of mass:    3.040    3.690    2.740<br>
Initial coordinates center of mass:    2.976    3.005    8.828<br>
<br>
The distance changed from 5.445 nm to 6.127 nm.<br>
What&#39;s wrong?<br>
<br>
I appreciate your advice on this issue. Thank you very much in advance,<br>
<br>
Joseph<br>
<br>
<br>
; GENERAL<br>
verbose                  = no<br>
Skip steps               = 1<br>
; Runtype: afm, constraint, umbrella<br>
runtype                  = constraint<br>
; Groups to be pulled<br>
group_1                  = protein_a<br>
; The group for the reaction force.<br>
reference_group          = protein_b<br>
; Weights for all atoms in each group (default all 1)<br>
weights_1                =<br>
weights_2                =<br>
weights_3                =<br>
weights_4                =<br>
reference_weights        =<br>
; Ref. type: com, com_t0, dynamic, dynamic_t0<br>
reftype                  = com_t0<br>
; Use running average for reflag steps for com calculation<br>
reflag                   = 1<br>
; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<br>
pulldim                  = Y Y Y<br>
; DYNAMIC REFERENCE GROUP OPTIONS<br>
; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<br>
r                        = 1<br>
; Switch from r to rc in case of dynamic reaction force<br>
rc                       = 1.2<br>
; Update frequency for dynamic reference groups (steps)<br>
update                   = 1<br>
<br>
; CONSTRAINT RUN OPTIONS<br>
; Direction, default: 0 0 0, no direction<br>
constraint_direction     = 1.0 1.0 1.0<br>
; Rate of chance of the constraint length, in nm/ps<br>
;constraint_rate          = 0.0<br>
; Tolerance of constraints, in nm<br>
constraint_tolerance     = 1e-06<br><font color="#888888">
<br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>