Hi All,<br> I was trying <b>GROMACS Tutorial for Drug – Enzyme Complex</b> by <i>John E. Kerrigan</i> over one docked complex in following way.<br>I generated topology and gromacs co-ordinates for ligand and cofactor successfully using PRODRG beta.<br>

Protein file is processed through &quot;pdb2gmax_d&quot; and resulted .gro and .top files are modified with PRODRG output (keeping <b><font size="2">Chirality- yes, </font></b><b><font size="2">Charges-full, EM-No</font></b>) as instructed in tutorial.<br>

Now when I am processing the modified .gro file to generate box, the ligand and cofactor are going away from the protein molecule and I am not able to analyze the complex.<br>Can anybody help me to find the reason for this situation, Is it because of PRODRG options or something else?<br>
<br>If it i sbecause of modified co-ordinates from PRODRG, how can i keep the co-ordinates unchanged?<br>
<br>I have done same exercise successfully with other molecules earlier.<br><br>Any help or experience regarding this problem is highly appreciated.<br><br>With tHanks,<br>Vivek<br>