<P>Dear all:</P>
<P>These days, I am trying to pull a slab of griphene moving along the Z direction at a constant speed. The slab of griphene contains 700 atoms. After several times of &nbsp;E-mail communication with the Gromacs users, the simulation can run. However, the run didn't produce the results which I expected. Part of my .gro file and .mdp file are below. By&nbsp;using them, the&nbsp;COM of the slab of griphene moved at a constant speed, but the 'slab'&nbsp;crashed. Because&nbsp;not all the carbon atoms moved at the same speed.</P>
<P>In order to produce the results that I want, which pull type (<SPAN style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 10.5pt; mso-fareast-font-family: ËÎÌå; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>no, umbrella, constraint or constant_force</SPAN>)&nbsp;and which pull geometry (<SPAN style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 10.5pt; mso-fareast-font-family: ËÎÌå; mso-font-kerning: 1.0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>distance, direction, cylinder or position</SPAN>) shall I&nbsp;use? There is no reference group in my simulation.&nbsp;Do I need to&nbsp;modify the .gro file?</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Part of the .gro file:</P>
<P>...</P>
<P>&nbsp;4876sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11052&nbsp;&nbsp; 3.608&nbsp;&nbsp; 0.748&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4877sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11053&nbsp;&nbsp; 3.821&nbsp;&nbsp; 0.871&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4878sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11054&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.871&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4879sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11055&nbsp;&nbsp; 3.892&nbsp;&nbsp; 0.748&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4880sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11056&nbsp;&nbsp; 0.017&nbsp;&nbsp; 0.748&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4881sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11057&nbsp;&nbsp; 3.395&nbsp;&nbsp; 1.117&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4882sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11058&nbsp;&nbsp; 3.679&nbsp;&nbsp; 1.117&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4883sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11059&nbsp;&nbsp; 3.466&nbsp;&nbsp; 0.994&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4884sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11060&nbsp;&nbsp; 3.608&nbsp;&nbsp; 0.994&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4885sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11061&nbsp;&nbsp; 3.821&nbsp;&nbsp; 1.117&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>&nbsp;4886sla&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11062&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 1.117&nbsp;&nbsp; 0.237&nbsp; 0.0000 -0.0000&nbsp; 0.0001<BR>...</P>
<P>These are all the carbon atoms of the slab of griphene.</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>; COM PULLING&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force<BR>pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = constraint<BR>; Pull geometry: distance, direction, cylinder or position<BR>pull_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = direction<BR>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y<BR>pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<BR>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)<BR>pull_r1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Switch from r1 to r0 in case of dynamic reaction force<BR>pull_r0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.5<BR>pull_constr_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-06<BR>pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<BR>pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>; Number of pull groups <BR>pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<BR>; Group name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps), kJ/(mol*nm^2)<BR>pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>pull_weights0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>pull_pbcatom0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = sla<BR>pull_weights1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>pull_pbcatom1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>pull_vec1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0 0.0 1.0<BR>pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.237<BR>pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5e-4<BR>pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <BR>pull_kB1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Any suggestions are welcome! Thank you in advance!</P>