<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I was trying to figure out if there is a short-cut for what I&#39;m doing. I have complexes that I&#39;m trying to prep using pdb2gmx. The ligand does not have a standard residue name. The way I know this can work is seperating out the ligand and protein into seperate files and preping the ligand using acpypi and the protein using pdb2gmx. Then incorporating them into a single pdb complex and including a reference to the ligand.itp (generated by acpypi) into a complex topology file. Is there any shortcut to doing this? any way to reference the ligand&#39;s itp file when running pdb2gmx?<br clear="all">
<br>-- <br>Jack<br><br><a href="http://drugdiscoveryathome.com">http://drugdiscoveryathome.com</a><br><a href="http://hydrogenathome.org">http://hydrogenathome.org</a><br></div>