I have to recreate .gro file from .trr file by using
trjconv which i have deleated previously for disk  space reasons
,  im using following  commond for that <br>
<br>
             trjconv -f full.trr -s full.tpr -o fullout.gro .<br>
<br>
    so my question is will this commond give me the same gro file that it was previously or it may variate <br>
    or any changes that u suggest in the given commond.<br>
<br>
    my second question is regarding g_rms,<br>
    i created the .xvg for  g_rms , the grph shows 
it has  continous run for molecule with some peaks in 
between why is it so as im doing analysis for the first time i dont
know what does this indicates .<br>
 is it because  the molecule is jumping across the box ? so that more rmsd at that place <br>
  ,i think by using -nojump i can do this  ?<br>