I am using openmpi-1.4.1.<br><br clear="all"><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jan 31, 2010 at 12:34 AM, Chandan Choudhury <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:iitdckc@gmail.com">iitdckc@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hi Ronald !!<br>Thanks for your reply.<br>I recompiled the openmpi. But while executing ./configure --enable-mpi in gromacs4.0.7 the following error is shown in config.log file.<div class="im"><br><br>configure:4536: checking for mpicc<br>


configure:4552: found /usr/lib/mpi/gcc/openmpi/bin/mpicc<br>configure:4563: result: mpicc<br>configure:4577: checking whether the MPI cc command works<br></div>configure:4601: mpicc -o conftest -g -O2   conftest.c  &gt;&amp;5<br>


conftest.c:15:17: error: mpi.h: No such file or directory<div class="im"><br>configure:4607: $? = 1<br>configure: failed program was:<br>| /* confdefs.h.  */<br>| #define PACKAGE_NAME &quot;gromacs&quot;<br>| #define PACKAGE_TARNAME &quot;gromacs&quot;<br>


| #define PACKAGE_VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>| #define PACKAGE_STRING &quot;gromacs 4.0.7&quot;<br>| #define PACKAGE_BUGREPORT &quot;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&quot;<br>

| #define PACKAGE &quot;gromacs&quot;<br>
| #define VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>| #define GMX_SOFTWARE_SQRT<br>| #define GMX_QMMM_GAUSSIAN<br></div>| #define BUILD_TIME &quot;Mon Feb  1 14:07:34 EST 2010&quot;<br>| #define BUILD_USER &quot;root@corsica&quot;<div class="im">

<br>| #define BUILD_MACHINE &quot;Linux 2.6.31.5-0.1-desktop i686&quot;<br>
| /* end confdefs.h.  */<br>| #include &lt;mpi.h&gt;<br>| int<br>| main ()<br>| {<br>| int argc; char **argv; MPI_Init(&amp;argc,&amp;argv);<br>|   ;<br>|   return 0;<br>| }<br>configure:4619: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br>


<br clear="all"><br>--<br></div><div class="im">Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
<br><br></div><div><div></div><div class="h5"><div class="gmail_quote">On Sat, Jan 30, 2010 at 10:57 PM, Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu" target="_blank">roland@utk.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<div><br></div><div>your MPI installation has to be brogen. mpicc always has to be able to find libmpi. Please reinstall mpi correctly.</div><div><br></div><div>Roland<br><br><div class="gmail_quote"><div><div></div><div>


On Sat, Jan 30, 2010 at 11:06 AM, Chandan Choudhury <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:iitdckc@gmail.com" target="_blank">iitdckc@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Hi gmx users !!<br><br>On compiling GMX paralley, following error was encountered. How can I tackle this.<br>


Kindly help.<br>

<br><br>checking for mpicc... mpicc<br>checking whether the MPI cc command works... configure: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br>

<br>The config.log file reads<br><br>configure:4536: checking for mpicc<br>configure:4552: found /usr/lib/mpi/gcc/openmpi/bin/mpicc<br>configure:4563: result: mpicc<br>configure:4577: checking whether the MPI cc command works<br>






configure:4601: mpicc -o conftest -g -O2 -I/usr/local/openmpi/include/  conftest.c  &gt;&amp;5<br>/usr/lib/gcc/i586-suse-linux/4.4/../../../../i586-suse-linux/bin/ld: cannot find -lmpi<br>collect2: ld returned 1 exit status<br>






configure:4607: $? = 1<br>configure: failed program was:<br>| /* confdefs.h.  */<br>| #define PACKAGE_NAME &quot;gromacs&quot;<br>| #define PACKAGE_TARNAME &quot;gromacs&quot;<br> #define PACKAGE_VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>






| #define PACKAGE_STRING &quot;gromacs 4.0.7&quot;<br>| #define PACKAGE_BUGREPORT &quot;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&quot;<br>| #define PACKAGE &quot;gromacs&quot;<br>| #define VERSION &quot;4.0.7&quot;<br>






| #define GMX_SOFTWARE_SQRT<br>| #define GMX_QMMM_GAUSSIAN<br>| #define BUILD_TIME &quot;Sat Jan 30 21:42:50 IST 2010&quot;<br>| #define BUILD_USER &quot;root@shiraz&quot;<br>| #define BUILD_MACHINE &quot;Linux 2.6.31.5-0.1-desktop i686&quot;<br>






| /* end confdefs.h.  */<br>| #include &lt;mpi.h&gt;<br>| int<br>| main ()<br>| {<br>| int argc; char **argv; MPI_Init(&amp;argc,&amp;argv);<br>|   ;<br>|   return 0;<br>| }<br>configure:4619: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br>






<br><br clear="all">Chandan<br><font color="#888888"><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
</font><br></div></div>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>




865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br>