Thank you so much for your quick response.<br><br>I have attached my .itp, and .top files.  I think that the if statement was originally in the wrong spot, but after changing in and running an energy minimization, there is still some drifting - the Na+ moves to (0.566, 1.559, 1.586) from (0.486, 1.621, 1.621).  Maybe this is normal amount of drift?<br>
<br>Thanks again,<br>Jenny<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 2, 2010 at 6:01 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
Jennifer Casey wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
I am trying to restrain Na+ to a specific position (0.487, 1.620, 1.620) of my box of dimensions 3.2418 X 3.2418 X 3.2418 nm.  The box is also full of 253 THF molecules.  I added the following to the bottom of my .itp file:<br>

<br>
#ifdef POSRES<br>
#include &quot;posre_Na+.itp&quot;<br>
#endif<br>
<br>
I wrote the posre_Na+.itp file myself, it just includes the position restraints for Na+, which is atom 1 in my .gro file, and my posre_Na+.itp file deals with atom 1.  The force constants are all 1000.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
It does not matter so much whether the atom number is the same, but rather if the position restraint definition directly follows the [moleculetype] definition of Na+ in your system.  Without seeing your topology file, there&#39;s no way to know if you&#39;ve placed the position restraint file in the right place.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Under the .mdp file, I also made sure that define = -DPOSRES.<br>
<br>
I get no errors when things run, but I do get my Na+ moving around.  After I do energy minimization, Na+ ends up at the position (0.373, 1.504, 1.226).  I also do not notice anything about position restraints appearing in my .log file afterwards.<br>

<br>
I really appreciate the help.<br>
<br>
Thank you,<br>
Jenny<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>