Dear Justin,<br><br>Thanks for replying. The table mentions only a few unit cell type. I am using a monclinic unit cell. Do you know how these box vectors have been derived.<br><br>thanks<br>vishal<br><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Feb 2, 2010 at 11:26 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Vishal Agarwal wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear gmx-users,<br>
<br>
I am new to GROMACS. Can anyone tell me what does the last line in .gro file stands for ?<br>
<br>
The manual mentions<br>
&quot;box[X][X],box[Y][Y],box[Z][Z],<br>
box[X][Y],box[X][Z],box[Y][X],box[Y][Z],box[Z][X],box[Z][Y]&quot;<br>
<br>
Can anyone explain what each of these mean in terms of cell parameters ?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
The last line contains the box vectors.  Specifics in terms of unit cell geometry are given in the manual, Table 3.1 and section 3.2.1.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks,<br>
vishal<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Regards<br><br>***********************************************<br>Vishal Agarwal<br>Research Scholar<br>University of Massachusetts, Amherst<br>***********************************************<br>
&#39;Your only obligation in any lifetime is to be true to yourself.&quot;<br>             ---Richard Bach<br>