Thnx for replying <br>A] <br>As i hv mentioned previously that in  my simulation  g_rms suggests it has some large peaks ,so applied trjconv with <br>-pbc nojump now ...<br> there are no peaks in rmsd its oky but in vmd it showed that water is not having defined box so how to tackle this situation......<br>
1.which -pbc option u suggests for this situation<br><a href="http://2.is">2.is</a> it possible to use two -pbc options together?<br><a href="http://3.is">3.is</a> it possible to modify the .xtc that i have generated with -nojump further to have defined box.<br>
<br>B] <br>my next question is with gromacs version 3.3.2<br> if im using NMR structure i need to give -ignh  option in pdb2gmx to ignore hydrogens or it will be taken care of  automatically. <br><br> C]<br> Will u please give me any tutorial on ligand-dna/protein simulation either with PRODRG or ANTCHAMBER for drug input preparation.<br>