<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Linux)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0in;">Hello there,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">I have used g_rms and g_cluster
for RNA structure analysis and noticed that they give me different rmsd
values. <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">For example, calculating rmsd values using the g_rms gives
me a minimum rmsd value of 0.7nm, but using g_cluster <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">it gives me the
minimum rmsd value of 0.3nm.  Both uses the same atom (C3&#39;) for the
rmsd calculation. <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">Would someone clarify this issue?</p><p style="margin-bottom: 0in;"><br></p>Many thanks,<br><br>Segun<br>