<div dir="ltr"><div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>i&#39;m simulating a surface in water and ions which is composed of 6X6 Carbon atoms arranged on a 2-d lattice. (using ffamber99)</div>
<div>i want to keep the spacing between C-C neighbouring atoms at 0.34 Angstrom (or some other spacing of choice..), and to maintain the surface rigid and planar</div>
<div> </div>
<div>for that i added to the [  bonds ] section at the topology file c0 values and force constants as following:</div>
<div> </div>
<div>[ bonds ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>    1     2     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>    1     7     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>    2     3     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>
..</div>
<div>and so on..</div>
<div> </div>
<div>and similarly  added 90 and 180 degrees bond angle constrains between triads of atoms in the surface according to their location.</div>
<div> </div>
<div>the thing is , i&#39;m affraid my constraint of c0 of 3.4 Angst. is in some conflict with the definition of C-C bond length which is defined somewhere in the amber files (if i&#39;m turning the constraint on co off the atoms approach each other and the spacing is lost)</div>

<div> </div>
<div>my questions are:</div>
<div>a) do you think i should define a new dummy atom? and in which files should it be done? - i&#39;m asking because i didn&#39;t find a clear answer in the manual</div>
<div>b) is there any other bond function  (what number?) which may ignore the definition of the C-C length and treat only the c0 constraint?</div>
<div> </div>
<div>if someone can answer or guide me to relevant sections in the manual i&#39;ll be most thankful!</div>
<div>amir</div>
<div> </div>
<div> </div></div>