Hi everyone.<br><br>Nowadays I am learning how to analyze my results after MD. I have been reading the tutorial &quot;GROMACS Tutorial for Drug – Enzyme Complex&quot; and all is fine but I have a big doubt about g_rms. I know that g_rms compares two structures by computing the root mean square
deviation (RMSD). In the tutorial one part said:<br><br>&quot;Use g_rms to obtain an RMSD plot of the protein backbone and the drug (IN4) throughout the simulation. Do the Backbone first g_rms –s md.tpr –f md.trr (or xtc) –o bkbone_rmsd.xvg You will be prompted to select a Group. Enter 4 (for backbone).<br>
Compare to 1 Group in the reference. Enter 1 then Enter 4 for backbone again.&quot;<br><br>The last part for me is confused, I understand that I am going to compare backbone with protein so first (4) and then (1), but &quot;Enter 1 then Enter 4 for backbone again&quot;, why???? and what should I do if I want to calculate the RMSD of the drug? (4) and then LIG?? or (LIG) and (LIG)?<br>
<br>I know that these are trivial questions but I would be grateful I someone can help me or give advices.<br><br>Thanks in advance.<br><br>Miguel.<br><br>