<div dir="ltr"><div>Thank you Justin,</div>
<div> </div>
<div>actually, i have two parallel rigid plates that are free to move towards each other on the Y-axis (i used position restrain on Y and Z axes)</div>
<div>later on i will umbrella sampling to obtain the plate-plate PMF at various distances from each other (thanks a lot for the helpful tutorial!)</div>
<div> </div>
<div>so i will try bond type 6 as you suggested.</div>
<div> </div>
<div>up until now i observed , especially during the the NPT run ,that the atoms are fluctuating , and if the time step was 0.002psec or even 0.001 psec the system was very un-robust and the simulation explodes. (that is my main concern and the reason for my previous post)</div>

<div> </div>
<div>do you think bond type 6 will settle this?</div>
<div> </div>
<div>anyway, thanks a lot for the quick reply!</div>
<div>Amir<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Thu, Feb 4, 2010 at 7:32 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>Amir Marcovitz wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi,<br> i&#39;m simulating a surface in water and ions which is composed of 6X6 Carbon atoms arranged on a 2-d lattice. (using ffamber99)<br>
i want to keep the spacing between C-C neighbouring atoms at 0.34 Angstrom (or some other spacing of choice..), and to maintain the surface rigid and planar<br> for that i added to the [  bonds ] section at the topology file c0 values and force constants as following:<br>
 [ bonds ]<br>;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br>   1     2     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>   1     7     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>   2     3     1  3.400000e-01 3.744680e+05<br>
..<br>and so on..<br> and similarly  added 90 and 180 degrees bond angle constrains between triads of atoms in the surface according to their location.<br> the thing is , i&#39;m affraid my constraint of c0 of 3.4 Angst. is in some conflict with the definition of C-C bond length which is defined somewhere in the amber files (if i&#39;m turning the constraint on co off the atoms approach each other and the spacing is lost)<br>
 my questions are:<br>a) do you think i should define a new dummy atom? and in which files should it be done? - i&#39;m asking because i didn&#39;t find a clear answer in the manual<br>b) is there any other bond function  (what number?) which may ignore the definition of the C-C length and treat only the c0 constraint?<br>
</blockquote><br></div></div>Two options I can think of:<br><br>1. Why not position restrain your carbon lattices to parallel planes?<br>2. Use bond type 6 to define a harmonic potential between the atoms you want to restrain.  If the two lattices are part of the same molecultype definition (unclear from your post), then you can use distance restraints.  If they are separate molecules, however, you can&#39;t, and hence why bond type 6 is a viable option.<br>
<font color="#888888"><br>-Justin</font> 
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"> if someone can answer or guide me to relevant sections in the manual i&#39;ll be most thankful!<br>amir<br>
  <br></blockquote><br></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5">-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br></div>