Dear All,<br><br>Can anyone help me how can I go about preparing the topology file for an infinite crystal of cellulose. I have prepared the .gro file for 5X5X5 unit cells of cellulose II using GROMACS utility and intend to apply periodic BC on it. It has a glucose molecule as building block (GCLA). When I try running pdbgmx, I get an error for extra hydrogens (which is not there in itp file but is actually there in the original structure which I am using) and missing oxygen (-O).<br>
<br clear="all"><br>-- <br>Regards<br><br>***********************************************<br>Vishal Agarwal<br>Research Scholar<br>University of Massachusetts, Amherst<br>***********************************************<br>
&#39;Your only obligation in any lifetime is to be true to yourself.&quot;<br>             ---Richard Bach<br>