Hi,<br><br>I&#39;m facing a problem with GROMACS that appears pretty simple, actually. I&#39;m trying to set a dodecahedron box but all I can get is a triclinic box. For that, I&#39;m using the following line:<br><i><br>editconf -f pMHC -bt dodecahedron -o -d 1 </i><br>

<br><br>Am I doing something wrong?? Another problem, different from this one, is that my protein, during the simulation, is escaping/comming off/&quot;running away&quot; (sorry I&#39;m butchering the english) from the water box. I tried to use periodic boundaries conditions, but didn&#39;t work (I added a line in my .mdp file - pbc = xyz). Someone could help me with that, please? <br>

<br>I really appreciate !<br><br clear="all"><br>-- <br>Maurício Menegatti Rigo<br>Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Imunogenética<br>Departamento de Genética<br>Instituto de Biociências<br>Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Brazil<br>