<meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Linux)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { margin: 0.79in }
                P { margin-bottom: 0.08in }
        -->
        </style>

<p style="margin-bottom: 0in;">Dear gromacs users,</p><p style="margin-bottom: 0in;">I am trying to collect trajectories
corresponding to each temperature by using trjcat with demux.</p><p style="margin-bottom: 0in;">There were similar issues posted
earlier, but I do not see the solution on the problem I am facing
following:</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">I have 64 replicas simulated using namd 
in dcd trajectory format and saved them in gromacs format (.trr) using
vmd. <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">I inspected the gromacs format trajectories by eyes in vmd and
looked fine.   However, when I tried trjcat -f g*.trr -demux
replica_index.xvg, <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">the output looked weird.  So I tested a small set
of the trajectories (using only replicas 0 to 8 and first two frames)  and <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">noticed that the output does not match to the replica_index.xvg file.</p><p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>

<p style="margin-bottom: 0in;">trjcat -f *g*.trr -demux
replica_index.xvg</p><p style="margin-bottom: 0in;">replica_index.xvg</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">0  0  1  2  3  4  5  7  6</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">2  1  0  2  3  5  4  6  7</p><p style="margin-bottom: 0in;"><br></p><p style="margin-bottom: 0in;">I am using Ubuntu (32bit)  and the
gromas version is 4.0.5.</p><p style="margin-bottom: 0in;">0_trajout.xtc should have the 1st frame
from replica 0 and 2nd frame from replica 1, but both frames for 0_trajout.xtc are from the replica 0. <br></p><p style="margin-bottom: 0in;">It seems the index file
does not cooperate properly with the trjcat and -demux.  Does anyone
have clue about this? <br></p><p style="margin-bottom: 0in;"><br></p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Many thanks,</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">
</p>
<p style="margin-bottom: 0in;">Segun</p>
<p style="margin-bottom: 0in;"><br>
</p>
<br clear="all"><br>-- <br>---------------------------------------<br>Segun Jung, Ph.D. Candidate <br>Computational Biology <br>Schlick Lab, Department of Chemistry<br>New York University<br><a href="http://homepages.nyu.edu/~sj801">http://homepages.nyu.edu/~sj801</a> <br>
----------------------------------------<br>