<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>&nbsp;you already have your solution at hand.</div><div><br><div><div>On 10.02.2010, at 10:05, Amit Choubey wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Everyone,<div><br></div><div>I have been trying to calculate diffusion coefficient for water. I am trying to reproduce the numbers published in journal papers.</div><div>I am using SPCE water model. I use the g_msd analysis tool.</div>
<div><br></div><div>g_msd -f traj.trr -n index.ndx -s npt.tpr -b 2 -e 8&nbsp;</div><div><br></div><div>I use a box of volume 6x6x6 nm^3 which has 7161 water molecules. I equilibriate the system for a ns and then run for additional 10 ps for analysis. Here are some of the numbers that i get&nbsp;</div>
<div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Cambria; font-size: 16px; ">a. With&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: small; ">Berendsen's T coupling and P coupling on i get&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: Cambria; font-size: 16px; ">4.4941 (+/- 0.2992)&nbsp;1e-5 cm^2/s</span></span></span></div>
<div>b. With Berendsen's T coupling on and P coupling off I get&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: Cambria; font-size: 16px; ">3.2469 (+/- 0.1076)&nbsp;1e-5 cm^2/s</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Cambria; font-size: 16px; ">c.&nbsp;<span class="Apple-style-span" style="font-family: arial; font-size: small; ">With Berendsen's T coupling on and P coupling off for 1ns and then T,P coupling both off (for analysis part) i get 2.8085 (+/- 0.0310) 1e-5 cm^2/s .</span></span></div>
<div><br></div><div>c is closest to the widely accepted experimental value of 2.3 1e-5 cm^2/s but its not quite right.&nbsp;</div><div><br></div></blockquote><div><br></div><div>You obtain a quite good estimation of the diffusion coefficient when not applying the Berendsen coupling scheme. The reason for this is that Berendsen coupling does not allow to generate a correct thermodynamic ensemble. Applying v-rescale or Nose-Hoover in combination with Parrinello-Rahman should yield more accurate results, because the take the way of sampling the phase space in an appropriate manner into account.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Flo</div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><div>Could someone explain to me why the values obtained in above 3 cases are widely different and may be give some tips about the right procedure to calculate diffusion (method and invoking the g_msd tool)?&nbsp;</div>








<div><br></div><div>Thank you</div><div>Amit</div><div><br></div>
-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>--</div><div>Florian Dommert</div><div>Dipl.-Phys.<br><br>Institute for Computational Physics<br><br>University Stuttgart<br><br>Pfaffenwaldring 27<br>70569 Stuttgart<br><br>Phone: +49(0)711/685-6-3613<br>Fax: &nbsp;&nbsp;+49-(0)711/685-6-3658&nbsp;<br><br>EMail:&nbsp;<a href="mailto:dommert@fias.uni-frankfurt.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>Home:&nbsp;<a href="http://fias.uni-frankfurt.de/~simbio/Florian_Dommert">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a></div></div></div></div></div></div></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>