hi,<br />
   I want to do a normal mode analysis on a small peptide.<br />
I had complied gromacs in double precision and energy minimized the structure in vacuum, <br />
using steepest descent followed by conjugate gradient method. the log file of conjugate <br />
gradient method reads <br />
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to Fmax < 0.0001 in 1023 steps<br />
Potential Energy  = -1.95899271351756e+02<br />
Maximum force     =  9.50250289517625e-05 on atom 48<br />
Norm of force     =  3.82317661305055e-05<br />
<br />
but when i try to run mdrun_d ( for normal mode analysis) , it shows<br />
Maximum force: 2.05241e+02<br />
Maximum force probably not small enough to ensure that you are in an<br />
energy well. Be aware that negative eigenvalues may occur when the<br />
resulting matrix is diagonalized<br />
<br />
I had made grompp_d read the trajectory file of "cg energy  minimization" by using the -t <br />
flag.<br />
where have i gone wrong?<br />
Any suggestion will be of great help.<br />
Thanks in advance.<br />
Sarbani Chattopadhyay<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table>