Hi everyone,<br>I&#39;m using this command to extract my protein and my ligand from the trajectory.<br><br>trjconv -f prot_md60ns.xtc -s prot_md50.tpr -fit rot+trans -pbc whole -n prot_wat.ndx -o prot_ligand_60ns.xtc &lt; grps &gt;&amp; outtrj<br>
<br>Before, I had a problem with residues of my protein showing at the other end of the box, when I display my .xtc with VMD. <br>the &quot;-pbc whole&quot; fixed it.<br><br>However, now I have another issue: my ligand is at the other end of the box. So please can anyone tell me what can I do to fix that and get a reasonable RMSD value?<br>
<br>Thank you<br>Carla<br>