Hi all,<br><br>I am trying to translate the peptide within the simulation box. I have a box with dimensions of 3.8 3.0 3.0 nm^3, and I want to put the peptide on top of the box. In order to that I used the following command line:<br>
<br>editconf -f pep.pdb -box 3.8 3.0 3.0 -translate 0 0 1.5 -o trans.pdb<br><br>The peptide is not translated, but sitting at the center of the box. Why is the case? Any suggestions? <br><br>Thanks in advance<br><br>-- <br>
Ozge Engin<br> ★☆<br>