<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<br>
Saikat Banerjee wrote: </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
I am doing some simulations in binary solvent water and DMSO using ffG43a6 forcefield. I need to calculate the composition fluctuation of the solvent. I have done that with hand-written codes using the trajectory files generated by GROMACS. I selected a sphere at a fixed center and noted the number of water and DMSO molecules within that cut-off. I would like to know if there are any methods to do the same within GROMACS.<br>

</blockquote>
<br>
Have a look at:<br>
<br>
g_dist -dist<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
</blockquote><div>Thanks for your reply. It could have been done with g_dist -dist or trjorder -r. But the problem here is a bit different. I wanted to compute the number of molecules within a cut-off from the center of the box, and not from the center of mass of another atom.  So, the problem can be re-framed as - is there any way to fix a dummy massless atom at the box centre ? <br>
</div><div><br><br><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Thanking you,<br>
<br>
Saikat<br>
<br>
-- <br>
-------------------------------------------------------------------<br>
Saikat Banerjee<br>
Integrated Ph.D student<br>
Prof B. Bagchi&#39;s group<br>
Room no. 210<br>
Solid State and Structural Chemistry Unit (SSCU)<br>
Indian Institute of Science<br>
Bangalore-560012<br>
-------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br><br>
</blockquote></div><br>