
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Deniz,<div><br></div><div>for calculations with PME you might want to use the g_tune_pme</div><div>tools that helps to find the optimal settings on a given number of</div><div>cores. For Gromacs 4.0.x you can download it from</div><div><br></div><div><a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/projects/MethodAdvancements/Gromacs/">http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/projects/MethodAdvancements/Gromacs/</a></div><div><br></div><div>You find installation instructions on the top of the g_tune_pme.c</div><div>file.</div><div><br></div><div>Carsten</div><div><br></div><div><br><div><div>On Feb 16, 2010, at 1:41 PM, Deniz KARASU wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Carsten thank you for your response. <br><br>I did same benchmark with 8 node and 16 node . But these experiments were done with PME instead of cutt-off. To optimize&nbsp; I changed cutt-of and fourier spacing.&nbsp; I wonder this results are acceptable and if need more optimization.<br>

<br>Thanks.<br><br>Deniz<br><br>====================================================<br><br>8 node and cutt-of = 0.9 nm fourier_spacing=0.12<br><br>&nbsp;Average load imbalance: 4.0 %<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.4 %<br>

&nbsp;Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 %<br>&nbsp;Average PME mesh/force load: 1.758<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 15.7 %<br><br>NOTE: 15.7 % performance was lost because the PME nodes<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; had more work to do than the PP nodes.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You might want to increase the number of PME nodes<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or increase the cut-off and the grid spacing.<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R E A L&nbsp;&nbsp; C Y C L E&nbsp;&nbsp; A N D&nbsp;&nbsp; T I M E&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>

<br>&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nodes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G-Cycles&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seconds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %<br>-----------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;Domain decomp.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.253&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4<br>

&nbsp;Vsite constr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.237&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Send X to PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.365&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Comm. coord.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.193&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>&nbsp;Neighbor search&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 279.944&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.8<br>

&nbsp;Force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 451.185&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 193.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.4<br>&nbsp;Wait + Comm. F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.147&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.4<br>&nbsp;PME mesh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 940.073&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 403.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.3<br>&nbsp;Wait + Comm. X/F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 356.494&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.7<br>

&nbsp;Wait + Recv. PME F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 345.820&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 148.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.3<br>&nbsp;Vsite spread&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.568&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>&nbsp;Write traj.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.350&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.525&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>

&nbsp;Constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.6<br>&nbsp;Comm. energies&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.377&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.393&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2593.170&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1112.0&nbsp;&nbsp; 100.0<br>-----------------------------------------------------------------------<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Parallel run - timing based on wallclock.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 139.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2:19<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 127.854&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.458&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.434&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.930<br>Finished mdrun on node 0 Mon Feb 15 17:34:48 2010<br>

<br>====================================================<br>8 node cut-off = 1.0 nm and fourier_spacing=0.13<br><br>&nbsp;Average load imbalance: 3.4 %<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.7 %<br>

&nbsp;Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 %<br>&nbsp;Average PME mesh/force load: 1.129<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 3.7 %<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R E A L&nbsp;&nbsp; C Y C L E&nbsp;&nbsp; A N D&nbsp;&nbsp; T I M E&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>

<br>&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nodes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G-Cycles&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seconds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %<br>-----------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;Domain decomp.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.777&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5<br>

&nbsp;Vsite constr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.620&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Send X to PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.182&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Comm. coord.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.727&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>&nbsp;Neighbor search&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 275.561&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 117.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.8<br>

&nbsp;Force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 576.720&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 246.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.7<br>&nbsp;Wait + Comm. F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69.631&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&nbsp;PME mesh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 752.485&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 321.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.2<br>&nbsp;Wait + Comm. X/F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 416.550&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 178.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.8<br>

&nbsp;Wait + Recv. PME F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91.857&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.9<br>&nbsp;Vsite spread&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.456&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>&nbsp;Write traj.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.426&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.577&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9<br>

&nbsp;Constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41.959&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.8<br>&nbsp;Comm. energies&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.612&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2338.108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000.0&nbsp;&nbsp; 100.0<br>-----------------------------------------------------------------------<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Parallel run - timing based on wallclock.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2:05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 190.198&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.789&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.827&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.736<br>Finished mdrun on node 0 Mon Feb 15 22:10:46 2010<br>

<br>====================================================<br>8 node cut-off = 1.1 nm, fourier_spacing=0.135 <br><br>&nbsp;Average load imbalance: 0.7 %<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 0.4 %<br>

&nbsp;Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 %<br>&nbsp;Average PME mesh/force load: 0.872<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 4.2 %<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R E A L&nbsp;&nbsp; C Y C L E&nbsp;&nbsp; A N D&nbsp;&nbsp; T I M E&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>

<br>&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nodes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G-Cycles&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seconds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %<br>-----------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;Domain decomp.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.117&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3<br>

&nbsp;Vsite constr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.739&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Send X to PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.944&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Comm. coord.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.964&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>&nbsp;Neighbor search&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 269.553&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 115.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.4<br>

&nbsp;Force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 708.179&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 304.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.9<br>&nbsp;Wait + Comm. F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.572&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1<br>&nbsp;PME mesh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 671.310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 288.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28.4<br>&nbsp;Wait + Comm. X/F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 511.451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 219.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.6<br>

&nbsp;Wait + Recv. PME F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.333&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Vsite spread&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.222&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>&nbsp;Write traj.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.348&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.821&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>

&nbsp;Constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.736&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.7<br>&nbsp;Comm. energies&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.181&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.084&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2365.556&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1016.0&nbsp;&nbsp; 100.0<br>-----------------------------------------------------------------------<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Parallel run - timing based on wallclock.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 127.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 127.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2:07<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 244.853&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.855&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.609&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.764<br>Finished mdrun on node 0 Mon Feb 15 22:24:07 2010<br>

<br>====================================================<br>16 node cut-off = 1.1 nm, fourier_spacing=0.135 <br><br>&nbsp;Average load imbalance: 7.0 %<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 3.5 %<br>

&nbsp;Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: X 0 % Y 0 %<br>&nbsp;Average PME mesh/force load: 0.872<br>&nbsp;Part of the total run time spent waiting due to PP/PME imbalance: 4.2 %<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; R E A L&nbsp;&nbsp; C Y C L E&nbsp;&nbsp; A N D&nbsp;&nbsp; T I M E&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>

<br>&nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nodes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G-Cycles&nbsp;&nbsp;&nbsp; Seconds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; %<br>-----------------------------------------------------------------------<br>&nbsp;Domain decomp.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55.569&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.9<br>

&nbsp;Vsite constr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.334&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>&nbsp;Send X to PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.192&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>&nbsp;Comm. coord.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49.191&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.7<br>&nbsp;Neighbor search&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300.578&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.3<br>

&nbsp;Force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 734.497&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 314.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.2<br>&nbsp;Wait + Comm. F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 166.258&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.7<br>&nbsp;PME mesh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 809.589&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 347.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.8<br>&nbsp;Wait + Comm. X/F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 640.310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 274.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.0<br>

&nbsp;Wait + Recv. PME F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Vsite spread&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.558&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Write traj.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.685&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>&nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18.789&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>

&nbsp;Constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.320&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.6<br>&nbsp;Comm. energies&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.562&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;Rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.538&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8<br>-----------------------------------------------------------------------<br>

&nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2911.302&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1248.0&nbsp;&nbsp; 100.0<br>-----------------------------------------------------------------------<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Parallel run - timing based on wallclock.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1:18<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 398.725&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.539&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.158&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.083<br>Finished mdrun on node 0 Mon Feb 15 22:54:31 2010<br>

<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 15, 2010 at 5:36 PM, Carsten Kutzner <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ckutzne@gwdg.de">ckutzne@gwdg.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Hi,<br>

<br>

18 seconds real time is a bit short for such a test. You should run<br>

at least several minutes. The performance you can expect depends<br>

a lot on the interconnect you are using. You will definitely need a<br>

really low-latency interconnect if you have less then 1000 atoms<br>

per core.<br>

<font color="#888888"><br>

Carsten<br>

</font><div class="im"><br>

<br>

On Feb 15, 2010, at 3:13 PM, Deniz KARASU wrote:<br>

<br>

&gt; Hi All,<br>

&gt;<br>

&gt; I'm trying to d.lzm gromacs benchmarks with 64 node machine, but &nbsp; dynamic load balancing performance is very low.<br>

&gt;<br>

&gt; Any suggestion will be of great help.<br>

&gt;<br>

&gt; Thanks.<br>

&gt;<br>

&gt; Deniz KARASU<br>

&gt;<br>

<br>

</div><div><div></div><div class="h5">--<br>

gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>

</div></div></blockquote></div><br>

-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="font-size: 14px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br class="Apple-interchange-newline">--</div><div>Dr.&nbsp;Carsten Kutzner</div><div>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</div><div>Theoretical and Computational Biophysics</div><div>Am Fassberg 11,&nbsp;37077 Goettingen, Germany</div><div>Tel. +49-551-2012313, Fax: +49-551-2012302</div><div><a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne">http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne</a></div><div><br></div></div><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br></div></body></html>