Dear Gromacs users,<br><br>I have been installing Gromacs on a Power6

4.7 GHz with Infiniband, GBit-Ethernet
<br><br>before calling configure, I set:<br><br>export LDFLAGS=&quot;-L/gpfs/schraven/fftw3/lib&quot;<br>export CPPFLAGS=&quot;-I/gpfs/schraven/fftw3/include&quot;<br>export CC=&quot;mpcc_r -q64&quot;<br>export CFLAGS=&quot;-O3 -qstrict -qarch=auto -qtune=auto&quot;<br>

export CXX=&quot;mpCC_r -q64&quot;<br>export CXXFLAGS=&quot;-O3 -qstrict -qarch=auto -qtune=auto&quot;<br>export F77=&quot;mpxlf_r -q64&quot;<br>### O3 gives warning: The NOSTRICT option (default at OPT(3)) has the potential to alter the semantics of a program.<br>

export FFLAGS=&quot;-O3 -qstrict -qnoprefetch -qarch=auto -qtune=auto&quot;<br>export LIBS=&quot;-lmass&quot;<br>export FLIBS= &quot;-xlf -xlf90&quot;<br>export OBJECT_MODE=64<br><br>I run on both machines at 8 cores (so within the board), and find the 8 power6 cores to be 4-5 times slower (!) than the 8 intel xeon cores.<br>
<br>Does anyone have similar experience between these machines? Are there some things I should check?<br>It&#39;s a bit useless to use the power6 at all with these kind of speeds, but they were already here anyway and amazon&#39;s 30 day refund on retour has expired already ;)<br>
Hopefully I&#39;m doing something wrong and the situation can still be improved?<br><br>Greetings, Pim<br><br>