<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br /><br /><span>On 02/16/10, <b class="name">Itamar Kass </b> &lt;Itamar.Kass@med.monash.edu.au&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:f56c5a6a5807.5807f56c5a6a@monash.edu.au" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Shalom all,<br /><br />I am simulating a protein in which one of the residues is chemically<br />modified (non-natural) - so I had to add it into aminoacids.dat.<br /><br />I found that when I analyse my results, and use the index group of the<br />protein this amino acid does not count unless the aminoacids.dat file is<br />available in the same folder.</div></blockquote><br _moz_dirty="" />Such files are searched for first in the local directory and then in $GMXLIB. So if you've used &quot;source /path/to/GMXRC&quot; correctly and modified the corresponding file, you'll be fine. If you have multiple installations, or multiple machines, you need to take some care, of course.<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" /><blockquote cite="mid:f56c5a6a5807.5807f56c5a6a@monash.edu.au" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"></blockquote><blockquote cite="mid:f56c5a6a5807.5807f56c5a6a@monash.edu.au" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Now, I don't think this is a bug - it is perfectly logic that in order<br />to index the protein the program needs to know how amino acid looks<br />like. I just think this should be written somewhere.</div></blockquote>Sure. There's a manual section that discusses a small number of the environment variables that GROMACS uses, but I don't know if this tidbit is there. It is not easy to write this information somewhere where it will come to people's attention whenever it is needed.<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Mark<br _moz_dirty="" type="_moz" /></div>